Правительство Израиля признает собственностью СССР все здания и земли ППО и РДМ на территории, завоеванной Израилем в ходе войны. Члены Общества и Миссии РПЦЗ были оттуда поспешно и насильственно изгнаны, и их взял под свое покровительство король Иордании Абдалла. Таким образом, в ведении ППО на Святой Земле остаются только те строения и земли, которые находились в Старом городе, Восточном Иерусалиме и на Западном Берегу, т.е. на территориях, присоединенных к Иордании после арабо-израильской войны. В 1967 г., после Шестидневной войны весь Иерусалим и Западный Берег переходят под контроль Израиля. Совет ППО в целях безопасности принимает решение о временном попечении Общества Архиерейским Синодом РПЦЗ, что и реализуется Указом последнего от 24 марта 1969 г. Кроме того, в апреле 1970 г. структура ППО реорганизуется, и возникают три независимые секции: американская, европейская и в Святой Земле. После Шестидневной войны и до создания Палестинской автономии (1994 г.) сохранялся «статус разделенных имуществ». Начиная с 1994 г. российские органы власти обращаются к президенту Палестинской автономии Ясиру Арафату с требованием передать им два участка ППО в Иерихоне и вскоре добиваются своего. В настоящее время секция Святой Земли представляет собой общественную организацию с официальным названием согласно юридической регистрации в городе Мюнхен (Германия) «Русское православное общество Святой Земли», находящееся вне какой-либо церковной юрисдикции. Эта организация по сегодняшний день (2011 г.) занимает Александровское подворье – самый близкий к Храму Гроба Господня русский участок. Подворье расположено в Старом городе Иерусалима и включает в себя Порог Судных Врат, домовую церковь св. Александра Невского, археологические раскопки и другие достопримечательности. В 2000-х гг. на Александровском подворье началась реконструкция. В 2006 г. на крыше установлен и освящен новый Крест, в 2006–2008 гг. заменена крыша, и проведен ремонт потолка, отреставрированы иконы и полотна монументального цикла «Крестный путь» художника Н.А. Кошелева. На подворье создана и в 2008 г. освящена часовня во имя Феодоровской иконы Божией Матери. В 2007, 2008, 2009 и 2010 гг. прошли Сергиево-Елизаветинские чтения. В 2009 г. мемориальная экспозиция «Царский Крестный путь» побывала в Одессе и Луганске. В июне 2010 г. после полувекового перерыва возобновилось чтение Псалтири и Синодика у Порога Судных Врат. В ноябре 2010 г. «Русское православное общество Святой земли», имеющее юридическую регистрацию в городе Мюнхен (Германия), основало Иерусалимское Свято-Елисаветинское сестричество сестер милосердия, в которое вступили девять сестер, прибывших из Украины и имеющих гражданство этой страны. В 2011 г. отреставрировано Распятие у Порога Судных Врат, сделаны новодельные вензеля над входом, привезены и освящены новые колокола, позолочен Крест на крыше. По данным официального сайта, финансовая сторона деятельности Общества находится под аудитом правительства Баварии. С 2000 г. существует Совет ППО в Святой Земле, который состоит из священнослужителей и монашествующих Русской Духовной Миссии в Иерусалиме (РДМ) РПЦЗ, и его возглавляет архиепископ Берлинско-Германский и Великобританский Марк (Арндт). Между Советом ППО в Святой Земле и ИППО подписан договор о сотрудничестве. В настоящее время (декабрь 2011 г.) Совет ППО в Святой Земле и Императорское Православное Палестинское Общество (ИППО) не признают «Русское православное общество Святой Земли» с центром на Александровском подворье.