В 1853 г. к северу от ограды было построено здание гостиницы с пятью кельями на первом этаже для работников и шестью – на втором для паломников. Игумен Израиль позаботился об устройстве раки для мощей местночтимых схимонаха Сергия и схимонахини Варвары. Власти с 1854 г. до устного разрешения Ладожского епископа Герасима (Добросердова) в 1865 г. препятствовали её установке, поскольку родители преподобного Александра Свирского не были общецерковно прославлены. При игумене Израиле Оятский монастырь сподобился самого большого за свою историю пожертвования: по завещанию (1847 г.) графини Анны Алексеевны Орловой-Чесменской поступило 5715 руб. В 1849 г. иеромонах Варлаам (Ишунин) пожертвовал на поминовение 1579 руб. 33 коп. В июне 1849 г. Оятский монастырь инспектировал в качестве благочинного архимандрит Игнатий (Брянчанинов). Преемниками игумена Израиля в 1860 гг. были игумены Герман, Зоровавель (21 сентября 1859 г. – 27 января 1861 г.), Антоний (Бочков), подвижник благочестия и духовный писатель (строитель с 31 марта 1861 г., игумен с 6 апреля 1861 г.; 4 апреля 1862 г. переведён настоятелем в Череменецкий во имя апостола Иоанна Богослова монастырь), Аполлинарий (26 июля 1862 г. – 29 января 1865 г.), Парфений (с 29 января 1865 г.; с 7 декабря 1865 г. – игумен, с 27 декабря 1866 г. – настоятель Зеленецкого монастыря), архимандрит Иосиф (с 27 декабря 1866 г.; 15 июля 1867 г. перемещён в тихвинский Успенский монастырь), иеромонах Тихон (с 4 января 1870 г.). 17 января 1864 г. сгорел и не возобновлялся монастырский лесопильный завод на реке Чегле, находившийся в аренде, в том числе с 1842 г. – у столичных лесопромышленников Федула Григорьевича и Василия Федуловича Громовых. Мукомольная мельница на реке Чегле в том же году была отстроена. 14 октября – 11 ноября 1865 г. монастырь, оставаясь заштатным, получил право принимать столько братии, сколько может содержать, однако с 27 декабря 1867 г. прекратил получать «милостынное подаяние» в 85 руб. 71 коп. от Новоладожского казначейства (раньше приходило из Санкт-Петербургской духовной консистории). К началу ХХ в. Богоявленская церковь обветшала, и архимандрит Герман (Московский) решил построить на её месте четырёхпрестольный каменный собор. Кроме того, было необходимо обследовать братский корпус, пострадавший от пожара, и, возможно, спроектировать новый. Для этих целей он пригласил епархиального архитектора Андрея Петровича Аплаксина (1879–1931 гг.), мастера «неорусского стиля». В первой половине 1908 г. зодчий выполнил проект нового собора, представляющего собой обобщённый образец «псковско-новгородского» храма (Центральный государственный исторический архив Санкт-Петербурга), в 1908–1910 гг. было осуществлено строительство. Фасады высокого одноглавого четверика завершались волнообразными фронтонами, под которыми должен был располагаться керамический пояс, к четверику примыкали: с востока – невысокая полуциркульная в плане апсида, с запада – развитый притвор, завершённый тремя ломаными щипцами и крыльцом, с юга и севера – приделы с посводными двускатными покрытиями, из которых «вырастали» глухие шатры, с востока – три полуциркульные в плане алтарные апсиды. В строгой симметричной композиции важную роль играли разнообразные криволинейные покрытия.