Неизвестный автор, священник, полагал, что для церкви не может быть иного, кроме положительного, отношения к свободе, ибо «старание укрепить внешние стены Церкви ведёт лишь к её внутреннему разложению». Церковные деятели осознавали, что отказ от укрепления «внешних стен» мог проходить только одновременно с внутренним изменением строя церковной жизни в соответствии с канонами. Знавший о разработке в Комитете министров указа 17 апреля 1905 г. заранее и понимавший возможные его последствия для судеб Русской православной церкви, первоприсутствующий член Синода митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский) сумел использовать сложившуюся ситуацию для того, чтобы решение вопроса о церковных реформах было переведено в практическое русло. Таким образом, разработка указа «Об укреплении начал веротерпимости» стимулировала активное обсуждение и выработку в Синоде практических мер по подготовке церковной реформы, о необходимости которой в конце XIX – начале XX вв. много писали и говорили, не только иерархи, но и представители церковной общественности России. Одним из важнейших последствий и практическим развитием указа «Об укреплении начал веротерпимости» исследователи называют издание указа «О порядке образования и действия старообрядческих и сектантских общин и о правах и обязанностях входящих в состав общин последователей старообрядческих согласий и отделившихся от православия сектантов», подписанного императором Николаем II в первую годовщину Октябрьского манифеста 1905 г. – 17 октября 1906 г. В преамбуле указа 17 октября 1906 г. высказывалась надежда, что закон «послужит к укреплению в старообрядцах веками испытанной преданности их к престолу и Отечеству и вящему возвеличению истины и свободного убеждения, общей Матери нашей Святой Церкви Православной». Действия старообрядческих общин стали определять точные правила, их права и обязанности были расписаны отдельно от положений, касавшихся сектантов. В этой связи исследователи признают политически пристрастными утверждения юриста профессора Михаила Андреевича Рейснера о том, что указ «Об укреплении начал веротерпимости» «не акт веротерпимости или дарования свободы веры, а только перевод расколо-сектантских обществ из одного разряда в другой, с подчинением их вместе с тем бдительному административному надзору». Важное значение для развития правосознания российских подданных имела связанная с разработкой и принятием указа «Об укреплении начал веротерпимости» религиозная амнистия – облегчение участи тех, кто отбывали наказание по обвинению в совершении религиозных преступлений. В начале XX в., изменяя религиозную политику в отношении других христианских конфессий, государство не ставило целью обратить всех подданных российской империи в православие. Необходимо было сохранять общественный порядок и поддерживать лояльность подданных по отношению к власти.