Специально оговаривалась и необходимость пересмотра «важнейших сторон религиозного быта лиц магометанского исповедания» (см. Ислам), а также положения о ламаистах (см.: Буддизм), которые в официальных актах перестали именоваться идолопоклонниками и язычниками. При этом указ не затрагивал положения иудеев (см. Иудаизм раввинистический), не разрешал переход в нехристианские вероисповедания и не допускал вневероисповедного состояния. В последнем, семнадцатом пункте говорилось о необходимости привести в действие положения Комитета министров «о порядке выполнения пункта шестого Указа от 12 Декабря минувшего года». Пункт 6 «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка» гласил о неуклонном желании самодержца охранять терпимость в делах веры. Таким образом, указ от 12 декабря 1904 г. послужил юридическим основанием для начала работ, завершившихся публикацией указа 17 апреля 1905 г. В связи с тем, что прежние привилегии Русской православной церкви были сохранены, церковь не только не участвовала в подготовке указа, но и не была заблаговременно информирована о его утверждении императором. Лишь наиболее дальновидные церковные иерархи, следившие за развитием политической ситуации в стране, ещё до обнародования указа предупреждали, что он может тяжело отразиться на положении Русской православной церкви, многие десятилетия пользовавшейся прямой государственной защитой. Так, 17 февраля 1905 г. ректор Санкт-Петербургской духовной академии  епископ Ямбургский Сергий (Страгородский) на молебне, проведённом в день основания академии, утверждал: «...Ни для кого не секрет, что мы находимся, может быть, накануне объявления полной свободы вероисповедания», и предупреждал, что противникам церкви развязываются руки, и они несомненно поведут борьбу против православия. «В духовной жизни нашего Отечества от этого необходимо ожидать великих потрясений и перемен, – говорил епископ Сергий (Страгородский), – и положение нашей Православной Церкви должно измениться самым существенным образом». К наиболее тяжёлым последствиям для православия закон привёл в западных областях империи, где традиционно были сильны позиции католического духовенства. Возможность перехода из православия в другую христианскую конфессию и отсутствие при этом каких-либо юридических ограничений привели к резкому ухудшению религиозной ситуации. По воспоминаниям митрополита Евлогия (Георгиевского), в 1905 г. епископа Холмского, в Западном крае «все деревни были засыпаны листовками, брошюрами с призывом переходить в католичество»; распространялись слухи о переходе в католичество императора и праведного Иоанна Кронштадтского (Сергиева). Пытаясь выработать методы противодействия католической пропаганде (усилившейся после обнародования указа), епископ Евлогий (Георгиевский) созвал епархиальный съезд с участием мирян. На съезде было принято предложение об отправке делегации в Санкт-Петербург.