При этом в законе содержалось положение о создании Экспертно-консультативного совета при Комитете Верховного Совета РСФСР по свободе совести, вероисповедания, благотворительности и милосердию (председателем совета стал один из соавторов закона Ю.А. Розенбаум). В функции совета входило ведение учёта данных о зарегистрированных религиозных объединениях, проведение официальной юридической и религиоведческой экспертизы и вынесение заключений по запросам органов государственного управления и суда. Фактически данный совет исполнял те же функции, что и Совет по делам религий при Совете Министров СССР, преобразованный, согласно Закону СССР «О свободе совести и религиозных организациях», в информационный, консультативный и экспертный центр, хотя именно сохранение подобного государственного органа составители Закона РСФСР считали главным недостатком общесоюзного законодательства. Закон «О свободе вероисповеданий» предоставлял религиозным объединениям право свободно участвовать в общественной социально-культурной жизни, но запрещал им участие в выборах органов государственной власти и в деятельности политических партий. Заявляя о светском характере государственной системы образования, закон закреплял право на преподавание вероучений и религиозное воспитание в негосударственных учебных и воспитательных заведениях, частным образом на дому или при религиозном объединении, а также факультативно по желанию граждан – в любых дошкольных и учебных заведениях и организациях. Преподавание религиозно-познавательных, религиоведческих и религиозно-философских дисциплин, не сопровождающееся совершением религиозных обрядов и имеющее информационный характер, могло входить в учебную программу государственных учебных заведений. Исследователи находят примечательным, что в законе ничего не говорилось о духовных учебных заведениях, что являлось серьёзным недостатком данного правового акта. Государственный контроль за соблюдением законодательства о свободе вероисповеданий возлагался на местные советы народных депутатов, а также на соответствующие правоохранительные органы, согласно их установленной законом компетенции. Обязанности по регистрации религиозных объединений возлагались на Министерство юстиции РСФСР и его территориальные органы. Закон провозглашал принцип, согласно которому никто не может быть привлечён к ответственности за убеждения, связанные с отношением к религии, и закреплял правовую охрану тайны исповеди. Предполагалась возможность по просьбам массовых религиозных объединений объявлять дни больших религиозных праздников дополнительными нерабочими (праздничными) днями. Вскоре после принятия закона в связи с обращением Патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера) Верховный Совет РСФСР своим постановлением от 27 декабря 1990 г. объявил праздник Рождества Христова (7 января по новому стилю) выходным днём. Под религиозными объединениями закон подразумевал любые объединения граждан, образованные в целях совместного осуществления права на свободу вероисповедания. Специалисты-правоведы впоследствии обращали внимание на крайнюю расплывчатость подобного определения.