Вскоре Никифору II вновь пришлось мирить Киевского князя, на этот раз уже с Романом Мстиславичем, который привлёк на свою сторону поляков и черниговских князей Ольговичей, но, потерпев неудачу, обратился за посреднической помощью ради примирения к митрополиту. «Послушав митрополита», Рюрик Мстиславич заключил мир с Романом Мстиславичем («Полное собрание русских летописей», том 2). В следующем году в марте Никифор II встречал в Киеве вместе с духовенством и князем Рюриком Ростиславичем тело шурина Киевского князя – Туровского князя Глеба Юрьевича и, видимо, участвовал в его погребении в киевском Златоверхом во имя архангела Михаила мужском монастыре («Полное собрание русских летописей», том 2). У исследователей есть основания относить ко времени правления Никифора II образование нового Рязанского епископства. Ещё в 1187 г. во владимирском летописании Рязанская земля упоминается как часть Черниговской епархии, а под 1207 г. впервые указан Рязанский епископ Арсений («Полное собрание русских летописей», том 1; в «Истории...» Василия Никитича Татищева известие о поставлении епископом игумена Арсения читается под 1198 г., достоверность этого известия исследователям подтвердить затруднительно). Образование новой епископии исследователи связывают с настойчивыми попытками Всеволода Юрьевича Большое Гнездо подчинить своей власти Рязанскую землю и с его заинтересованностью в разрыве чернигово-рязанских связей. По свидетельству византийского историка Никиты Хониата, Киевский митрополит призывал князей предпринять поход против половцев, угрожавших Византии. В связи с этим исследователи отмечают поход Всеволода Юрьевича Большое Гнездо на половецкие кочевья «възле Дон» в 1199 г. («Полное собрание русских летописей», том 1). Владимиро-Суздальские князья ни раньше, ни позднее таких походов в южные степи не предпринимали. Обращает на себя внимание исследователей близость даты похода и предполагаемого времени образования Рязанской епархии. Исследователи полагают, что поход на половцев был одним из условий согласия митрополита на создание новой епископии. Никифор II возглавил освящение двух церквей, воздвигнутых Киевским князем Рюриком Ростиславичем: 6 декабря 1197 г. – кафедрального собора Белгородской епископии во имя святых Апостолов, 1 января 1198 г. – киевской церкви во имя небесного покровителя князя Рюрика Ростиславича святого Василия Великого на Новом княжеском дворе. Митрополиту сослужил его викарий, Белгородский епископ Адриан (который, по мнению исследователей, был одновременно Юрьевским владыкой). Это – последние известия с прямым упоминанием о Никифоре II («Полное собрание русских летописей», том 2). В 1199 г. новгородцы избрали нового архиепископа Митрофана, но ему пришлось два года ждать вызова на посвящение в Киев (хиротонисан 3 июля 1201 г.). Исследователи не исключают, что Никифор II к тому времени скончался, а новый митрополит из Константинополя ещё не приехал. Исследователям известна массивная (33–36 мм в диаметре) митрополичья печать Никифора II без изображений, с греческой надписью на обеих сторонах: «Воззри на меня, Твоим промыслом архипастыря всея России Никифора» (согласно переводу Валентина Лаврентьевича Янина; по Александру Васильевичу Назаренко – «пастыря всея Руси»).