После кончины святителя Гавриила (Григория) 4 мая 1193 г. новгородцы и князь Ярослав Владимирович, свояк великого князя Владимиро-Суздальского Всеволода Юрьевича Большое Гнездо, послали в Киев на поставление Мартирия, бывшего игумена старорусского на Острову в честь Преображения Господня мужского монастыря, причём об избрании в Новгороде было предварительно сообщено Никифору II, и тот против него не возражал («и послаша к митрополиту; и присла по нь с честью»). Никифор II и Киевский князь Святослав Всеволодович «прия и с любовью», после чего «поставиша и месяця декабря в 10» («Новгородская первая летопись»). В 1197 г. святитель Мартирий поставил в Новгороде церковь во имя святого Никифора («Новгородская первая летопись»). В том же году к Никифору II обратился князь Всеволод Юрьевич Большое Гнездо с просьбой хиротонисать во епископа Переяславского Павла («Полное собрание русских летописей», том 1), что, вероятнее всего, было исполнено. Хотя период правления Никифора II был весьма длительным, не сохранилось сведений о его поездках по митрополии. Во владимирском и в новгородском летописании Никифор II упоминается лишь в связи с сообщениями о поездках епископов на поставление в Киев. По мнению исследователей, связи Никифора II с северными епархиями были достаточно слабыми. О роли митрополита в происходивших событиях на юге Руси до конца 1180 гг. ничего не говорится. Исследователям известно, что в 1189 г. Никифор II призывал киевских соправителей Святослава Всеволодовича и Рюрика (Василия) Ростиславича освободить от власти венгерского короля Галицкую землю («...се иноплеменьници отъяли отчину вашю, а лепо вы бы потрудитися» – «Полное собрание русских летописей», том 2). Никифор II добился их выступления в поход, но князья не смогли договориться о дальнейшей судьбе Галицкой земли и с полпути вернулись обратно. Влияние Никифора II заметно возросло в годы княжения в Киеве Рюрика Ростиславича, которого митрополит с киевским духовенством торжественно встречал при его вокняжении в 1194 г. К его авторитету при улаживании сложных вопросов обращались и сам князь Рюрик Ростиславич, и его зять, амбициозный Роман Мстиславич, князь Владимиро-Волынский. В 1195 г. митрополит с миротворческой целью взял на себя грех нарушения крестоцелования Рюриком Ростиславичем. Тот был на грани военного столкновения со Всеволодом Юрьевичем Большое Гнездо из-за обещания, данного раньше князю Роману Мстиславичу, передать тому несколько южнорусских городов, на которые претендовал также Владимирский князь («...рече митрополит Рюрикови: “княже, мы есмы приставлены в Руской земле от Бога востягивать вас от кровопролитья..., а ныне аз снимаю с тебя крестное целование и взимаю на ся, а ты послушаи мене, возма волость у зятя у своего, даи же стареишому, а Романови даси иную, в тое место”» – «Полное собрание русских летописей», том 2).