Римские епископы, пользуясь своим авторитетом, подчинили другие епископские кафедры и постепенно получили власть назначать на них своих кандидатов. Таким образом сложилась церковная иерархия. Затем Римские епископы, пользуясь слабостью императорской и королевской властей, узурпировали их прерогативы. Свои притязания они облекли в форму декретов и декреталий (т.е. «канонического права») и выразили в доктрине «plenitudo potestatis» («полноты власти»). Для реализации своей власти Римские епископы стали использовать церковное отлучение и интердикт. Марсилий Падуанский утверждал, что эти меры даже в случае их справедливого наложения не являются наказаниями по божественному закону, но лишь предупреждениями о загробном наказании. В случае же их произвольного наложения они не влияют на вечную (посмертную) жизнь христианина. Точно так же бесполезны отпущения грехов, купленные нераскаявшимся грешником. Декреты и декреталии Римских понтификов, с точки зрения Марсилия Падуанского, являются человеческими законами, которые часто противоречат тексту Священного Писания и, следовательно, по сути, вредоносны. Марсилий Падуанский призывал провести Собор с участием клириков и образованных мирян, который должен был привести организацию церкви в соответствие с божественным законом. В заключении к «Защитнику мира» Марсилий Падуанский заявил, что готов признать себя еретиком только по решению Вселенского Собора. Отдельным вопросом в представлениях Марсилия Падуанского о церкви является доктрина евангельской бедности. В «Защитнике мира» он доказывал необходимость для священнослужителей подражать Иисусу Христу и апостолам в образе жизни, порицал роскошную жизнь церковных иерархов и требовал возвращения к евангельской бедности. Марсилий Падуанский считал, что Иисус Христос и Его ученики были абсолютно бедными, не имели собственности. На вопрос, как же они питались, приобретали одежду и раздавали милостыню, он отвечал так: существует юридическое владение, т.е. «право на что-то», которое можно отстаивать в суде, и простое пользование, не дающее права собственности, что и было актуально для Иисуса Христа и апостолов. Незадолго до появления трактата «Защитник мира» часть францисканцев, также отделявших пользование от юридического владения, выступила против трактовки евангельской бедности папой Иоанном XXII, что впоследствии вызвало раскол францисканского Ордена. Совпадение трактовок долгое время служило доказательством тесной связи Марсилия Падуанского с францисканцами. В новейшей историографии подобная связь опровергнута: Марсилий Падуанский требовал соблюдения бедности для всех клириков, в том числе и для епископов, в то время как францисканцы (Михаил из Чезены, Бонаграциа из Бергамо и Уильям Оккам) призывали только к закреплению юридического статуса (а не к соблюдению) бедности и лишь за членами их Ордена. Оценить степень влияния экклезиологических идей Марсилия Падуанского на современников исследователям сложно: от XIV–XV вв. не сохранилось положительных отзывов о его сочинениях, Марсилий Падуанский уже при жизни обрёл славу опасного еретика, боровшегося с политическими притязаниями Римских понтификов, его трактат «Защитник мира» стал широко известен как антипапский памфлет. Именно это стало причиной того, что в эпоху Реформации представления Марсилия Падуанского о церкви стали востребованными среди протестантов.