В июле 1147 г. по инициативе и под давлением нового Киевского князя Изяслава Мстиславича в киевском Софийском соборе на Соборе русских епископов новым предстоятелем Русской церкви был избран Климент (Клим Смолятич) («Полное собрание русских летописей», том 1, том 2). Это произошло в нарушение сложившегося традиционного порядка назначения русских митрополитов, без санкции Константинопольского патриархата. Исследователи отмечают, впрочем, что патриарший престол в Константинополе в это время пустовал (новый патриарх Николай IV Музалон был избран лишь в декабре того же года). На Киевском Соборе со стороны епископов Нифонта Новгородского и Мануила Смоленского (ставленников Михаила I (II) и, очевидно, особо доверенных по отношению к нему лиц) прозвучали возражения против задуманного князем акта: во-первых, «не есть того в законе, яко ставити епископом митрополита без патриарха, но ставить патриарх митрополита»; во-вторых, Михаил I (II), уезжая в 1145 г. в Константинополь, оставил им «рукописание», запрещавшее служить в соборе Святой Софии без митрополита. По мнению ряда учёных, Михаил I (II) при отъезде из Киева наложил на киевский кафедральный собор интердикт. Как полагает Борис Андреевич Успенский, это мнение не имеет серьёзных оснований, к тому же исследователям известна константинопольская практика закрытия собора Святой Софии после смерти патриарха до избрания преемника. А.В. Назаренко считает, что это был разовый акт, не имевший прецедентов (подобная практика в константинопольском соборе Святой Софии фиксируется только в XV в., к тому же исследователям непонятно, зачем давать «рукописание» в подтверждение существовавшего обычая). Аргумент епископов Нифонта и Мануила был проигнорирован, как полагают исследователи, в том числе потому, что «рукописание» прежнего митрополита уже было нарушено 13 августа 1146 г., когда в Софийском соборе Киева прошла торжественная интронизация Изяслава Мстиславича («Полное собрание русских летописей», том 2), сопровождавшаяся, без сомнения, богослужением. А.В. Назаренко полагает, что Михаил I (II) был жив до 1149 г. По предположению исследователя, визит епископа Нифонта в Киев в том году был вызван тем, что он получил известие о кончине Михаила I (II) и хотел, чтобы Климент теперь получил благословение патриарха. На территории Румынии (в селе Гарвен близ города Галац) в 1954 г. была найдена булла, которая была атрибутирована Валентином Лаврентьевичем Яниным как печать Михаила I (II). На её лицевой стороне есть поясное изображение Богоматери «Знамение», а на обороте в ободке – греческая надпись в четыре строки: «Печать Михаила, архипастыря России». Однако исследователем не было учтено то обстоятельство, что в XII в. на Киевской кафедре был ещё один митрополит с таким именем (см. Михаил II(III)).