В 1134 г. «почаша мълвити о Суждальстеи воине новъгородци» («Новгородская первая летопись»), началась подготовка новгородского войска к походу на Ростово-Суздальскую землю (бо́льшая часть которой была в том году обменена Юрием Долгоруким у Киевского князя Ярополка на Переяславль Южный) с целью посадить на местный княжеский стол Изяслава (Пантелеимона) Мстиславича, брата Новгородского князя Всеволода (Гавриила) Мстиславича, но первый поход не привёл к боевым столкновениям (новгородское войско во главе со Всеволодом по непонятной исследователям причине повернуло обратно, дойдя до Дубны). 9 декабря 1134 г. в Новгород из Киева вместе с новгородским послом игуменом Исаией прибыл Михаил I (II). Визит первосвятителя был первым в истории Новгородской епископии (во всяком случае, за предшествующий период приездов митрополитов в источниках не зафиксировано). Согласно малодостоверной, по мнению исследователей, версии Никоновской летописи 1520–1530 гг., посольство новгородцев в Киев было вызвано тем, что Михаил I (II) «посла запрещение (интердикт) на весь Новъгород» («Полное собрание русских летописей», том 9). Михаил I (II) пытался отговорить новгородцев от враждебных действий против единоверцев, он «мълвляше им»: «...Не ходите (на Суздаль), мене Бог послушаеть» («Новгородская первая летопись»). Убедившись в бесплодности своих увещеваний, Михаил I (II) хотел уехать обратно в Киев, но новгородцы «на Суждаль идуце, не пустиша его». Вопреки воле Киевского первосвятителя новгородское войско во главе с князем Всеволодом Мстиславичем вторглось на Ростово-Суздальскую землю и «на Ждани горе» потерпело жестокое поражение в битве 26 января 1135 г. В сражении погиб новоизбранный посадник Иванко Павлович и много «добрых муж» (знатных людей). Только когда новгородцы убедились в правоте митрополита, Михаил I (II) смог покинуть Новгород: «...Пустиша митрополита Кыеву, месяця феураря в 10, в мясопустную неделю». В начале 1136 г. Михаил I (II) принял деятельное участие в примирении князей – старших Мономашичей и Ольговичей во главе соответственно с Киевским князем Ярополком Владимировичем и Черниговским князем Всеволодом Ольговичем (в 1139–1146 гг. – князь Киевский). 12 января «целоваше хрест межю собою, ходяче меж ими честьному Михаилу митрополиту со крестом, и вда Ярополк Олговичем отчину свою, чего и хотели, и тако утеши благоумныи князь Ярополк брань ту лютую» («Полное собрание русских летописей», том 2, том 1). В примирении сторон принял участие и ставленник (и, по мнению исследователей, ближайший сотрудник Михаила I (II) из среды высшего русского духовенства) епископ Новгородский Нифонт, специально приехавший для этого в Киев с «лучьшими мужи» (представителями новгородской знати).