12 февраля 1902 г. Матфей был назначен благочинным и духовником Анно-Пророчицкого монастыря с освобождением от должности казначея (по другим данным, был назначен благочинным и духовником ещё 17 декабря 1900 г.). 18 августа (по другим данным, 29 сентября) 1902 г. по болезни с должности настоятеля был уволен игумен Нил (ум. 7 ноября 1902 г.). Настоятелем стал игумен Геннадий (Парфентьев), входивший раньше в братию Филейского монастыря и хорошо знавший Матфея. Игумен Геннадий вновь назначил его казначеем обители, освободив от должности благочинного. 14 марта 1903 г. Вятская духовная консистория утвердила это назначение. Казначеем и духовником обители Матфей оставался до ухода из монастыря. С духовного окормления братии в обители началось старческое служение Матфея. Особенно внимателен он был к послушникам, недавно поступившим в монастырь. Многие из них были ему обязаны поступлением в обитель. Настоятель без совета старца не предпринимал ни одно важное дело. Будущий епископ Вениамин (Милов), в то время учащийся Вятской духовной семинарии, бывал на каникулах в Анно-Пророчицком монастыре и оставил воспоминания о встречах с Матфеем: «Ученик знаменитого филейского старца иеросхимонаха Стефана – иеромонах отец Матфей – учил меня читать книги аскетического характера, обличал в неимении страха Божия, рассказывал о своём тернистом шествии от мира к монастырю». Согласно воспоминаниям знавших его людей, Матфей стремился к уединению, был молчалив, пустых разговоров не вёл, избегал шуток и смеха, праздного времяпрепровождения. Любопытство считал одним из самых тяжких грехов. Но за этой внешней суровостью, неприветливостью скрывались ум мудреца, по-детски доброе сердце и душа праведника. Обстановка его кельи отличалась строгой простотой. Матфей вставал очень рано, одним из первых среди братии. Затем шёл в храм и служил чаще один. От торжественных богослужений, соборных служений и поздних литургий старался уклониться. Избегал ходить и на общую трапезу. В употреблении пищи соблюдал крайнее воздержание. Утешение и поддержку своим силам находил в молитве. Молва о Матфее распространилась до Казанской и Нижегородской губерний. Он неохотно принимал посетителей, поскольку они отвлекали его от молитвы, в основном, отсылая их к настоятелю («Идите к батюшке, он рассудит лучше меня»). Подходивших к нему благословлял как бы нехотя, внешне совершенно не интересуясь, откуда человек прибыл. Говорил старец мало да и то только в случае необходимости. Немногих удостаивал беседы, давал им наставления. Богатый духовный и жизненный опыт позволял ему знать мысли приходящего к нему человека, и часто бывало, что Матфей давал ответ на ещё не заданный ему вопрос. Уже тогда людская молва утверждала, что старец не только может исцелять душевные скорби, но и врачевать болезни. Исцелившиеся считали, что произошло это по молитвам старца. Исследователям известны также некоторые факты его прозорливости. Например, он предсказал иеромонаху священноисповеднику Пахомию (Кедрову; впоследствии архиепископ) получение святительского сана и то, что он пострадает за веру. Матфей был награждён набедренником (18 декабря 1902 г.) и грамотой Синода (6 марта 1912 г.).