10(23) февраля на соборном заседании Матфей был уполномочен на поездку в Киев для получения сведений о гибели митрополита Владимира (Богоявленского). 13(26) февраля Соборный совет отменил решение о поездке Матфея в связи с приездом в Москву Черниговского митрополита Платона (Рождественского), который находился в Киеве во время гибели митрополита Владимира (Богоявленского). Однако в своём выступлении на заседании 14(27) февраля Матфей, вновь настаивая на необходимости отправки в Киев соборных представителей, доложил Собору известные ему факты, связанные со смертью митрополита Владимира (Богоявленского), и обратил внимание на пассивность в этот момент братии Киево-Печерской лавры, что он объяснял событиями в церковной жизни на Украине в конце 1917 – начале 1918 гг. На том же заседании Собор принял решение о создании комиссии для расследования убийства митрополита Владимира (Богоявленского). В её состав вошли Тамбовский архиепископ Кирилл (Смирнов; с 1 апреля 1918 г. – митрополит), Матфей и член Собора Сергей Петрович Руднев. По объективным причинам (в частности, из-за отъезда митрополита Кирилла (Смирнова) в Баку) поездка в Киев комиссии в полном составе не состоялась, однако 20 июля Собор утвердил решение Соборного совета о командировке Матфея в Киев для расследования обстоятельств гибели митрополита Владимира (Богоявленского). С 18 июля он находился в Киеве, опрашивая свидетелей событий. Вернувшись в Москву, Матфей выступил на соборном заседании 16 августа 1918 г. с докладом об обстоятельствах убийства митрополита Владимира (Богоявленского). В своём докладе он акцентировал внимание на негативном отношении к митрополиту Владимиру (Богоявленскому) сторонников отделения церкви Украины от Русской церкви, возложив часть ответственности за гибель архипастыря на противников митрополита Владимира (Богоявленского) среди братии Киево-Печерской лавры и особенно на проживавшего в лавре в тот момент и поддержавшего автокефалистов бывшего Владимирского архиепископа Алексия (Дородницына). Также в своём докладе на Соборе Матфей указал на упущения в действиях лаврского начальства в связи с убийством митрополита Владимира (Богоявленского). Последнее замечание было оспорено на заседании Собора 26 августа Чигиринским епископом Никодимом (Кротковым; впоследствии архиепископ), который указал на неточности в докладе Матфея. Матфей испросил у Соборного совета разрешение на поездку в Пермь по служебным делам. При этом он сообщил о готовности при необходимости принять участие в работе комиссии Собора по делу Пермского епископа Андроника (Никольского; ум. 20 июня 1918 г.). Решением Собора для выяснения судьбы епископа Андроника (Никольского) в Пермь были посланы Черниговский архиепископ Василий (Богоявленский) и член Собора Алексий Зверев, вместе с которыми Матфей расследовал с согласия советских властей обстоятельства ареста и убийства архиепископа Андроника (Никольского). После завершения расследования Матфей отбыл из Перми по железной дороге вместе с архиепископом Василием (Богоявленским) и Алексием Зверевым. По пути в Москву, недалеко от Вятки (ныне Киров), за мостом через реку Каму, поезд был остановлен красноармейцами, которые вывели членов соборной комиссии из вагона и расстреляли (по другой сведениям, изрубили шашками). Материалы расследования вместе со значительной денежной суммой, собранной в Перми на нужды Собора, были похищены. Тела убитых тайно закопали, а впоследствии выкопали и сожгли. Матфей был прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.