Проповедь Заратуштры отвергает почитание древних богов, предлагая новую религиозную систему и этическую концепцию, в которой центральное место занимают верховное божество Ахурамазда, сопутствующий ему святой дух, божественные сущности Амеши Спента. Однако «Авеста» демонстрирует возвращение к культам старых богов, «достойных поклонения» (язатов), среди которых Митра занимает одну из ведущих позиций. Исследователи подчёркивают, что если «чистый» зороастризм и смог оставаться какое-то время религией замкнутой общины, которая сохранила учение пророка (включая детальную передачу текста Гат), прежние боги, включая Митру, не потеряли полностью своих позиций и с течением времени вернулись в обновлённый пантеон, имевший уже синкретический характер: этот пантеон объединил религиозную систему Заратуштры с традицией поклонения древним богам. Другую точку зрения высказал знаменитый французский иранист Жан Келленс, по мнению которого Митра и другие старые боги не отвергались Заратуштрой, а лишь были низведены до божеств, не удостоенных индивидуального почитания. Время введения Митру в официальный пантеон зороастризма Ахеменидского Ирана исследователям неизвестно. Исследователи предполагают, что основатель Ахеменидской империи Кир II Великий (около 600 – 530 гг. до н.э.) придерживался зороастризма, однако данных о почитании Митры в его правление не осталось. Лишь в период царствования Артаксеркса II (404–359 гг. до н.э.) Митра и связанная с культом вод и плодородия богиня Анахита вытесняют не называвшихся до тех пор поименно богов и становятся помимо верховного божества Ахурамазды главными богами пантеона. Ещё позднее появляются иконографические свидетельства культа Митры на территории Ирана. Наиболее древние изображения этого бога исследователи встречают на монетах Аршакидской династии (247 г. до н.э. – 224 г. н.э.). Митра предстаёт на них лучником, напоминая своим видом греческого Аполлона, одним из важнейших атрибутов которого был лук. Соотнесение Митры с Аполлоном, слияние культов этих богов в процессе эллинизации Востока засвидетельствованы и в Коммагенском царстве, располагавшемся между Арменией, Сирией, Парфией и Римом. На стелах (между 62 и 37 гг. до н.э.) Антиоха I изображены портреты царя, пожимающего руку Митре-Гелиосу-Аполлону-Гермесу, о чём сообщает сопутствующая надпись на греческом языке. На монетах Кушанского периода (II–III вв. н.э.) Митра изображается юным солярным богом в лучистой тиаре, на нём традиционная иранская одежда. В эпоху эллинизма помимо Аполлона Митра ассоциировался с главой греческого пантеона Зевсом, что также нашло отражение на монетах греко-бактрийских царей. Образ Митры исследователи обнаружили и на монетах новой, Кушано-Сасанидской династии III–IV вв. н.э. Самое известное исследователям изображение Митры – Сасанидский рельеф в Таге-Бостан на территории Ирана, высеченный в скале в честь победы иранского царя Шапура II над Юлианом Отступником в 363 г. н.э. На этом рельефе помещённый в правой части Ахурамазда (среднеперсидский Ормазд) вручает Шапуру (в центре) символ власти – диадему с лентами, при этом оба попирают тело поверженного Юлиана, лежащего лицом вниз. В левой части композиции на цветке лотоса стоит Митра с ритуальными пучками прутьев (барсом) в руках, от его головы исходят лучи. Исследователям известны также памятники с изображением Митры, правящего солнечной колесницей, происходящие из Центральной Азии (например, из Согда, VIII в.).