Собираясь сам совершить литургию в замковой церкви Рождества Пресвятой Богородицы, Михаил Рагоза намеревался облачиться в ризнице храма, но со слов пономаря Ильи Убердатого узнал, что та совсем обнищала; на вопрос митрополита, «где же девались гривны, ланцуги (цепи), клейноты (драгоценности), золотые червонные, талеры и перстни от того образа Пречистыя, который надала славной и святой памяти королева Олена», получил от пономаря ответ, что всё это взял пан Андрей Маслянка с панами бурмистрами. На упоминании в этом судебном разбирательстве имени дочери Ивана III Васильевича и Софии Палеолог великой княгини Елены («королевы Олены»), которая в 1495 г. стала женой великого князя Литовского Александра Ягеллончика, строится ещё одна версия появления в Минске в начале ХVI в. почитаемого образа Божьей Матери. Согласно ей, икона является вкладом великой княгини в замковый храм Рождества Пресвятой Богородицы, упоминание о чём и сохранилось в указанном документе. В 1502 г. великая княгиня побывала в Минске. Тогда она даровала минскому Вознесенскому монастырю имение Тростенец, где поставила церковь, в которую вложила образ Божьей Матери (упоминается в описи 1687 г., далее не встречается). По словам священников, Минская икона Божьей Матери прежде находилась не в храме Рождества Пресвятой Богородицы, а была перенесена туда из стоявшей по соседству церкви Спаса. Как утверждается в документе митрополита Иосифа Рутского, вписанном в городские книги игуменом Феоктистом Самотыей 16 июля 1635 г., в связи с объединением монастырей Святого Духа, Вознесения и святого Николая со двором митрополита, за недолгий период пребывания в базилианском монастыре (с 1616 г.) «…в королевском месте Минске, из-за небрежения священников соборная церковь пришла в великое убожество с находящимся в ней чудотворным образом Пресвятой Богородицы, а на данные сему образу и существующему «при нем» братству имения… перешли было в чужие руки и только вследствие больших стараний… снова возвращены церкви Божией»; митрополит Иосиф Рутской разрешил мещанам построить новую церковь Рождества Пресвятой Богородицы (взамен сгоревшей в 1626 г.), но чудотворный образ Божьей Матери митрополит не позволил перенести в новую церковь, а велел оставить её «на вечные времена» в церкви Святого Духа, поскольку «большая учтивость от законников ему се деет и братство при том образе в церкви Святого Духа заложено есть, до которого так панове бурмистрове, яко теж и иные панове мещане именья свои вписали се, большое помноженье берет; над то, же образ в церкви соборной, некогда ошарпаный, законники коштом своим болей ниж на 500 золотых накладуючи порадне оправили…». Больше двух веков образ находился в главном алтаре Свято-Духовой церкви базилианского монастыря. В праздник Святой Троицы совершались процессии с Минской иконой Божьей Матери. В 1660 г. игумен Варлаам Козинский завещал 15 тыс. злотых для ежедневного совершения перед образом двух обедней, а также на реставрацию оклада. В 1733 г. униатский архимандрит Августин Любенецкий записал 1 тыс. талеров на содержание капеллы, чтобы та в честь Минской иконы Божьей Матери пела или играла «Годзинки или литании», а ежедневно утром и вечером – гимны во славу Пресвятой Девы «Salve Regina» и «Ogloriosa Domina». Практически вплоть до присоединения Минска к Российской империи (1793 г.) православные сохраняли память о начальном месте пребывания своей святыни в замковой церкви Рождества Пресвятой Богородицы.