В это время в обители, а также рядом с ней, в лесной пещере, подвизался постриженик Троице-Сергиевого монастыря блаженный монах Иона (ум. в конце 1737 г.), пользовавшийся уважением троицкого архимандрита Варлаама (Высоцкого; в 1877 г. на месте подвигов монаха Ионы, в лесу, была устроена часовня). В 1732 г. в Мефодиевом Пешношском монастыре, вероятно, над погребением преподобного Мефодия, была построена церковь во имя преподобного Сергия Радонежского, в которой была поставлена рака. В описи, направленной в 1764 г. в Эконом-Коллегию, строитель Филимон сообщал: «...При раке его ж преподобнаго Мефодия посох деревянный черный, с железным копием». В 1745 г. решением Собора Троице-Сергиевой лавры Мефодиев Пешношский монастырь обязывался ежегодно отправлять на содержание Ново-Сергиевой Троицкой пустыни (см. Санкт-Петербургская Троице-Сергиева мужская пустынь) хлебные запасы, муку, гречневую крупу, овёс, горох и проч. К середине XVIII в. обитель пришла в упадок, богослужения совершал белый священник Степан Васильев из села Говейнова. Престарелый иеромонах Иосиф (Москвитин) доносил троицкому архимандриту: «Имеюсь я именованный при означенном монастыре в отправлении священно-церковного служения без чреды и без диакона, всего один». 23 августа 1755 г. строитель Иннокентий (Григорович) писал в Троице-Сергиеву лавру, что богослужения в Мефодиевом Пешношском монастыре не совершаются. Согласно исповедным ведомостям 1761 г., в монастыре проживали престарелые строитель, иеромонах, иеродиакон, два монаха и белый священник. 30 марта 1764 г. Мефодиев Пешношский монастырь перешёл в ведение Переславской духовной консистории, а в конце того же года упразднён, храмы стали приходскими. 8 декабря указом консистории церкви были «сданы» священнику Иоанну Афанасьеву, а строитель (1762–1764 гг.) Филимон (Василевский) вернулся в Троице-Сергиеву лавру. Приходу были оставлены приписные деревни Васильево, Александрово, Копытово, Поздняково и Васнево. В 1766 г. по инициативе помещика действительного статского советника генерал-майора Михаила Ивановича Верёвкина (потомка монаха Нифонта (Верёвкина; ум. в 1676 г.)), при помощи купцов И. Сычёва и Ивана Алексеевича Толчёнова Мефодиев Пешношский монастырь был возрождён, 14 июля епископ Сильвестр (Страгородский) назначил строителем эконома Переславского архиерейского дома иеромонаха Иоанникия. В обитель прибыли бывшие насельники Иосифова Волоцкого монастыря. В 1770 гг. строители конфликтовали с крестьянами соседнего села Рогачёва, самовольно вырубавшими монастырский лес и разорявшими покосы. Возрождение Мефодиева Пешношского монастыря исследователи связывают с деятельностью строителя (1781–1788 гг.) иеромонаха Игнатия (ум. в 1796 г.) и казначея (впоследствии строителя) иеромонаха Макария (Брюшкова; ум. в 1811 г.), бывших насельников Покровской Островской в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустыни. Иеромонах Игнатий ввёл в монастыре строгий общежительный устав, принесённый с Афона иеромонахом Клеопой I, строителем Островской пустыни, отремонтировал некоторые постройки, упорядочил монастырское хозяйство, урегулировал конфликты с соседними крестьянами, в 1782 г. упразднил, считая его «несвойственным монашеским занятиям», скотный двор.