В сентябре 1918 г., в отсутствие правящего архиерея, епископ Леонтий (Вимпфен) выступил с воззванием в поддержку большевистского декрета «Об отделении церкви от государства и школы от церкви». По его инициативе в Астрахани был создан так называемый «Епархиальный союз церквей». Узнав о происшедшем, Митрофан подал жалобу патриарху. Астраханский архиерей считал, что епископ Леонтий (Вимпфен) превысил свои полномочия, а «Епархиальный союз церквей» был создан параллельно епархиальному управлению для борьбы с правящим архиепископом. Епископ Леонтий (Вимпфен) был вызван на поместный Собор на суд епископов, но он не поехал в Москву, послав телеграмму с сообщением, что местные власти не разрешили ему выезд из Астрахани. 26 сентября соборное совещание епископов постановило снять епископа Леонтия (Вимпфена) с должности викария и запретить его в священнослужении. Митрофан ходатайствовал об отсрочке этого решения. Вернувшись в Астрахань, он объявил епископу Леонтию (Вимпфену) решение Собора епископов и патриарха. Советские власти попытались использовать противостояние двух астраханских архиереев в своих интересах. В местной прессе началась кампания против Митрофана в защиту епископа Леонтия (Вимпфена). К концу октября 1918 г. конфликт удалось уладить; епископ Леонтий (Вимпфен) призвал своих сторонников к спокойствию и заявил о беспрекословном подчинении высшей церковной власти. С него было снято запрещение в священнослужении, однако он не вернулся на должность викария, оставаясь только управляющим Иоанно-Предтеченским монастырём. Фронт гражданской войны постепенно приблизился к низовьям Волги. В октябре 1918 г. в здании церковного причта Успенского собора разместились штаб и Реввоенсовет 11-й армии, а семьи священников были оттуда выселены. Митрофан отказывался покинуть реквизированный властями Архиерейский дом, хотя у него отняли часть помещений и лишили его возможности выходить из своих покоев, превратив фактически в узника. Лишь после того, как стало известно, что военная комендатура собирается применить по отношению к Митрофану силу, он по настоянию близких к нему людей переселился к ректору семинарии протоиерею Николаю Летницкому в астраханский в честь Преображения Господня мужской монастырь и прожил в обители до декабря 1918 г. Когда же семинария и все монастырские помещения были заняты под курсы красных командиров, поселился в доме духовника астраханского в честь Благовещения Пресвятой Богородицы женского монастыря протоиерея Николая Пальмова. 19 января 1919 г. епископ Леонтий (Вимпфен) устроил в Астрахани крестный ход, не поставив в известность правящего архиерея, и Митрофан был вынужден вновь жаловаться на него патриарху (принятое по этой жалобе постановление патриарха и Синода о запрещении епископа Леонтия (Вимпфена) в служении вышло уже после мученической кончины обоих архиереев). 10 марта того же года в Астрахани после расстрела войсками стихийного митинга бастующих рабочих вспыхнуло антибольшевистское восстание, к которому присоединилась часть гарнизона.