В 1747 г. в связи с необходимостью защиты от католиков и униатов власти Могилёвского монастыря во имя Николая Чудотворца добились выдачи им копий предшествующих привилеев короля Владислава IV Вазы. В 1754 г. Могилёвский монастырь во имя Николая Чудотворца был закрыт, церкви оставались приходскими до начала 1930 гг. В 1793 г. по инициативе архиепископа Могилёвского, Мстиславского и Оршанского Георгия (Конисского) рядом с Никольской церковью началось возведение тёплого отапливаемого храма, который в 1798 г. епископ Могилёвский и Витебский Анастасий (Братановский-Романенко) освятил во имя святого Онуфрия. К началу XX в. при Никольском храме существовали двухклассное церковноприходское училище и богадельня. В 1915–1917 гг. в Могилёве находилась Ставка Верховного главнокомандующего. Император Николай II Александрович с семьёй посещал Никольскую церковь. В 1920–1930 гг. из храмов бывшей обители была изъята ценная церковная утварь, а иконостас Никольской церкви уничтожен. Богослужения не совершались с 1934 г., после смерти священника Михаила Плещинского. В 1937–1941 гг. органы НКВД организовали в Никольском соборе неотапливаемую пересылочную тюрьму, в которой в зимнее время скончалось много заключённых. Их останки похоронены под алтарём церкви. В 1946 г. здание Никольской церкви было отремонтировано, в нём устроена книжная база. В 1956–1990 гг. в храме неудачно провели реставрационные работы. В 1989 г. Могилёвский и Мстиславский архиепископ Максим (Кроха) принял решение о возрождении монастыря. 28 марта 1991 г. был заново освящён Онуфриевский храм. 18 октября того же года решением Синода Белорусской православной церкви монастырь был открыт. 5 августа 1993 г. в помещении Онуфриевского храма состоялось заседание Синода Белорусской православной церкви, на котором к лику местночтимых святых был причислен архиепископ Георгий (Конисский). В память о нём ежегодно 6 августа совершается крестный ход от обители до дома, где проживал святитель. В 2002 г. рядом с Никольским храмом погребён архиепископ Максим (Кроха). Среди святынь Могилёвского монастыря во имя Николая Чудотворца – икона-портрет императора Николая II, образ Николая Чудотворца с частицей его мощей, списки Белыничской иконы Божьей Матери, Могилёвской Братской иконы Божьей Матери и иконы «Благодатное Небо». В 1996 г. при Могилёвском монастыре во имя Николая Чудотворца было учреждено сестричество во имя мучениц Веры, Надежды, Любови и их матери Софии, для которого в том же году построен каменный двухэтажный корпус. При обители действуют воскресная школа и молодёжный православный хор. К 2017 г. в монастыре проживали игуменья Евфросиния (Сидорович) и около полутора десятка насельниц.