Признавая стеснённость монахинь, которые после пожара не имеют «приличнаго помещения», власти Могилёвского монастыря во имя Николая Чудотворца через посредничество братчиков просили, чтобы по «королевской милости, позволили им на их грунте, называемом Холмы, лежащем за рекою Днепром и купленом у Елисея Лазаревича, обывателя Могилевскаго, построить церковь во имя святой Анны, матери Пресвятой Девы Марии». При этом король Ян II Казимир подтверждал все привилегии, данные Могилёвскому монастырю во имя Николая Чудотворца его покойным братом королём Владиславом IV Ваза, а также освобождал насельниц от всех «городских податей и казённых повинностей». Он разрешал монахиням «строить на нём церковь» и давал «полное право пользоваться на содержание своего монастыря всякими доходами от той церкви и от того грунта, дабы оне молили Господа Бога о благополучном царствовании нашем и наших преемников». Король подчёркивал, что «этих прав никто, а особливо замковый Могилёвский суд не смеет нарушать и сокращать». С этой целью король выдавал «сию нашу привилегию, к которой, для большей силы, подписавшись нашею рукою, повелели приложить печать Великаго Княжества». Ещё в 1669 г. на посаде Могилёва недалеко от берега Днепра братчики заложили каменный крестово-купольный трёхнефный Никольский собор. Его главный фасад был украшен нишами, пилястрами и колонками, которые на верхних этажах были «покрыты лепным растительным орнаментом». Фасад завершался двумя башнями, в средней части – фигурным козырьком. По мнению историков архитектуры, «декоративная обработка фасада рассчитана на постепенное облегчение архитектурных форм от нижних частей к верхним. Так, нижний фасад расчленён тремя большими нишами». Декор Никольского храма близок к декору храмов московской архитектуры нарышкинского стиля. Так, колонки, покрытые лепным орнаментом, украшающие входную пристройку храма святителя Николая, близки к элементам интерьера собора Новодевичьего московского монастыря в честь Смоленской иконы Божьей Матери. Подробное описание Могилёвского монастыря во имя Николая Чудотворца оставил московский стольник и дипломат Пётр Андреевич Толстой, который, посетив монастырь 5 апреля 1697 г. вспоминал: «...Во время чтения Святого Евангелия, и на Херувимской песни, и на словах Христовых, и на причастии стрелба была у той церкви ис трёх пушек, и пред царскими дверми ставились мещане с великими изрядными свещами 14 человек». Могилёвский монастырь во имя Николая Чудотворца дважды сильно пострадал во время Северной войны: его ограбили уходившие из Могилёва шведские войска, а затем казаки и калмыки из конных частей русских войск. Обитель запустела, в 1719 г. была возрождена как мужская.