Монастырское здание некоторое время пустовало и лишь в 1860 г. было передано православной церкви. После ремонта в бывшем костёле был освящён престол во имя равноапостольных Мефодия и Кирилла. Здесь совершались богослужения для учащихся духовной семинарии, переведённой из Слуцка в Минск. Семинаристы проживали в каменном монастырском корпусе. Во второй половине 1860 гг. протоиерей Пётр Елиновский (ум. в 1870 г.), служивший в минском Петропавловском соборе, направил епархиальному начальству рапорт: «При внимательном осмотре Кирилло-Мефодиевской церкви нашёл, что здание это в самом жалком состоянии… Оно было в пожаре 30 мая 1835 года и 30 ноября 1852 года. После пожара крыша построена в первый раз деревянная, а в другой – железная, но наружность церкви не была исправлена с 1825 года, а колоколенных башен не покрывали ни после первого, ни после второго пожара». В 1869 г. по ходатайству епископа Минского и Бобруйского Александра (Добрынина) Синод выделил необходимые средства (13 тыс. руб.) для ремонта храма и устроения при нём православной обители. Под началом протоиерея П. Елиновского, назначенного ответственным за ремонт, был отреставрирован не только храм, но и монастырский корпус. 4 января 1870 г. состоялось торжественное открытие Минского монастыря, а 11 мая того же года последовало предписание Синода именовать монастырь Свято-Духовым. 22 октября 1870 г. главный престол монастырского собора был освящён в честь Сошествия Святого Духа на апостолов, а 1 ноября правый придел – во имя святых Мефодия и Кирилла. В здании, примыкавшем к обители, была устроена тёплая домовая церковь во имя Николая Чудотворца. По распоряжению Синода в помещение Минского монастыря была переведена братия слуцкого Свято-Троицкого монастыря. Минский епископ Александр (Добрынин) благословил монахов иконой Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия. В Минский монастырь из Киево-Печерской лавры был прислан образ Успения Пресвятой Богородицы – копия киевской чудотворной иконы. В Минск перевезли также библиотеку, ризницу и монастырское имущество слуцкой обители. Слуцкие иноки привезли с собой и «возложили на престол» Свято-Духовского храма Евангелие, переписанное в 1582 г. князем Юрием III Юрьевичем Олелько. На серебряной обложке Евангелия была надпись: «Во имя Пресвятыя и Живоначальныя Тройцы Отца и Сына и Святаго Духа: сие святое Евангелие рукою властною Юрий Юрьевич Олелько, княжо Слуцкое вписан от Р. Х. 1582 июня 4 дня и подал вечными часи, до Святой Тройцы благочестивой Архимандрии Слуцкой, для вечного богомоления и спасения души своея в незабитную память, как прародителей наших Князей Слуцких и родителей и самого себя. Лето 1584».