Военные неудачи и мятежи сопровождались экономическим кризисом. Нехватка денег в казне заставила логофета Никифорицу поднять налоги и приступить к «порче монеты» – чеканке монет с заниженным содержанием золота и серебра, в результате чего начала падать стоимость византийского золотого солида, сохранявшего раньше стабильное положение в течение нескольких столетий. Общее недовольство византийцев кризисом и неуверенным правлением Михаила VII Дуки отразилось в появлении прозвища императора Парапинак. В это время резко выросли цены на товары на рынках в Константинополе, за золотую монету продавали уже не 1 медимн хлеба, как прежде, а медимн без пинакия, четверти. Правительство Михаила VII Дуки быстро теряло поддержку в различных слоях населения. Осенью 1077 г. против Михаилаа VII Дуки в провинциях почти одновременно подняли мятежи полководцы проэдр Никифор Вриенний в Адрианополе (ныне Эдирне, Северо-Западная Турция) и стратиг фемы Анатолик Никифор Вотаниат в Малой Азии (см. ст. Никифор III Вотаниат, император в 1078–1081 гг.). Войско, возглавляемое Никифором Вриеннием и его родственниками, первым подошло к Константинополю, но в сражении при Афире было разбито лояльными к Михаилу VII Дуке силами под командованием Алексея Комнина. Никифор Вриенний отступил от столицы. Никифор Вотаниат же, получив поддержку от сельджуков, в начале весны 1078 г. занял Никею, из-за чего возникла угроза нападения на Константинополь. При известии о приближении Никифора Вотаниата в столице начались волнения; значительная часть населения и знати, в том числе Константинопольский патриарх Косма I Иерусалимит, потребовали низложения Михаила VII Дуки. После кратких переговоров Михаил VII Дука был вынужден отречься от престола 31 марта и удалиться в константинопольский Студийский монастырь. В тот же день Михаил VII Дука просил в письме Алексея Комнина, находившегося в столице, возвести на престол брата Михаила VII Дуки Константина, однако приближённые императора приняли иное решение. Престол занял Никифор Вотаниат; жена Михаила VII Дуки (Мария Аланская) вышла за него замуж, тем самым дети Михаила VII Дуки сохранили положение соправителей императора. Спустя краткое время, в 1078 г., Михаил VII Дука был возведён в сан митрополита Эфеса и занимал эту кафедру несколько лет, по крайней мере, до весны 1081 г. Лишь однажды он совершил краткий визит в Эфес, остальное время пребывал в Константинополе. Об участии Михаила VII Дуки в церковных делах и о его дальнейшей судьбе сведений нет.