Тезис В.Л. Янина о «независимой от владыки организации новгородского черного духовенства», самим исследователем впоследствии скорректированный (зависимость от архиепископа «только в области церковно-канонического права»), представляется исследователям умозрительным. Исследователи не сомневаются, что без санкции Мартирия такой институт возникнуть не мог; в то же время повседневное управление делами монашества требовало некоторой автономии от владычной администрации. Чёрное духовенство по правовым нормам (в том числе по Уставу равноапостольного князя Владимира (Василия) Святославича) подчинялось владыке; в сообщениях о церковной деятельности Мартирия отсутствуют сведения о существовании не зависимой от его власти организации чёрного духовенства, что также подтверждается данными последующего времени, приведёнными Василием Фёдоровичем Андреевым, Ольгой Владимироной Кузьминой и Дмитрием Григрьевичем Давиденко. При Мартирии ведение новгородской владычной летописи было продолжено; как показал лингвистический анализ А.А. Гиппиуса, этим занимался тот же летописец, который работал при архиепископе Гаврииле вслед за Германом Воятой. После кончины Мартирия летописание, связанное с периодом его архиепископства, подверг редакторской обработке новый владычный летописец, что отразилось в годовых статьях «Новгородской Первой летописи» как старшего, так и младшего изводов. Согласно исследованию Тимофея Валентиновича Гимона, годовые записи при Мартирии велись достаточно регулярно, кроме единственного исключения, вносились ежегодно, как правило по итогам строительного сезона. Исследователям известны владычные печати Мартирия с изображением Божьей Матери «Знамение» на одной стороне и русской надписью, прочтённой В.Л. Яниным как «Мартирии еп[иско]п новгородскыи», – на другой. Именование Мартирия на печати епископом, казалось бы, подтверждает гипотезу о том, что архиепископский титул в XII в. ещё был личным пожалованием от Киевского митрополита или Константинопольского патриарха (Ярослав Николаевич Щапов, В.Л. Янин и др.). Во владычной летописи Мартирий, в основном, именуется архиепископом и лишь однажды, в конце статьи 1196 г., – епископом («Новгородская Первая летопись»). В таком случае надпись на печатях должна отражать тот период святительства Мартирия, когда он был ещё в сане епископа (так, два этапа титулования Новгородских владык второй половины XII в. отражены в печатях Иоанна (Илии)), или, как полагают А.А. Гиппиус и Валентин Васильевич Седов, «использование его (титула) новгородскими иерархами домонгольского времени носило непоследовательный характер».