В 1199 г. храм был расписан. 8 июня 1198 г. по распоряжению новгородского князя Ярослава Владимировича близ княжеской резиденции на Городище началось строительство каменной церкви в честь Преображения Господня на Нередице, заложенной в память о двух безвременно скончавшихся сыновьях князя, Изяславе и Ростиславе. Строительство храма завершилось в сентябре того же года, в следующем году он был расписан (по гипотезе В.Л. Янина, живописные работы возглавил Олисей Гречин). В частности, был написан образ святого Мартирия – святого покровителя архиепископа Мартирия. В том же году была заложена каменная церковь во имя пророка Илии на Холме в Славенском конце Новгорода. В 1199 г. женой князя Ярослава Владимировича Еленой был построен деревянный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Молоткове в основанном ею Михалицком монастыре. По позднейшему Сказанию, Мартирий повелел основать монастырь после того, как ему сообщили о чуде от просфоры, от которой «изошёл огонь» на месте будущей обители. Исследователи полагают, что у Мартирия, судя по имеющимся косвенным данным, сложились хорошие отношения с князем Ярославом Владимировичем, который правил в Новгороде довольно продолжительное время (1181–1184, 1187–1196, 1197–1199 гг.) и пользовался уважением среди новгородцев. На конец XII в. приходится важный этап становления новгородской республиканской государственности. Незадолго до избрания Мартирия, не позднее 1191 г. (по академику В.Л. Янину, в 1185–1191 гг.), складывается не зависимый от князя институт тысяцкого. Вслед за этим появляется новгородская архимандрития – институт избираемого на вече архимандрита, представляющего новгородское монашество, которым мог быть только игумен Юрьева монастыря. В.Л. Янин отнёс возникновение архимандритии в Новгороде ко времени игуменства в Юрьевом монастыре Савватия (1194–1226 гг.). По более обоснованному мнению А.А. Гиппиуса, опирающегося в том числе на данные текстологического исследования владычной летописи, этот республиканский институт складывается в период святительства Мартирия околло 1194 г., когда с таким титулом упоминается почивший настоятель Юрьева монастыря Дионисий («Новгородская Первая летопись»; В.Л. Янин считал это упоминание позднейшей вставкой). Согласно исследователю, «преобразование юрьевского игуменства в архимандритию было приурочено к поставлению нового игумена в 1194 г.»; В.Л. Янин объяснял появление архимандритии содействием князя Ярослава Владимировича, желавшего, как и при учреждении института тысяцкого, «ограничить влияние непредсказуемого в своём политическом выборе новгородского боярства путём введения новых влиятельных общественных институтов, представляющих более широкие слои населения».