23 августа 1655 г. Макарий встречал в Новгороде трёх патриархов – Антиохийского Макария III, Сербского Гавриила и Московского Никона (после службы они обедали у Макария в «большой палате»). Гости провели в Новгороде не меньше недели и здесь отпраздновали новолетие (1 сентября). 13 августа 1654 г. Макарий возглавил перенесение мощей Новгородского князя Владимира Ярославича в кафедральном Софийском соборе из Корсунской паперти к южному входу, в Мартириевскую паперть (это событие исследователи считают началом возобновления местного почитания князя). Исследователи полагают, что в это же время Макарий провёл работы в Софийском соборе: «помост церковный помости плитами великими. А те плиты возиша из Тесовские волости. И за иконами быша грани у столпов, и те грани повеле взломати, и иконы постави местные, и деисусы, и праздники господские, и пророки, и праотцы учини постенно, а не таки, якож преж бысть, и ныне видимо». Однако, когда 24 января 1655 г. патриарх Никон посетил Новгород, он «повеле… те грани поделати вновь и учинить по-прежнему», что и было сделано. В 1654 г. начавшееся в России «моровое поветрие» коснулось и новгородских земель. В грамоте архимандрита Тихвинского монастыря Иосифу Макарий предписывал: «...Учинить во всех монастырских вотчинах и на посаде заказ крепкой, под смертною казнью, чтоб прихожих людей ни в котором монастыре и в монастырских вотчинах не принимали и не таили и сами ни в которые городы и в уезды не ездили и не ходили» (впоследствии было организовано ежегодное поминовение погибших от эпидемии). Начавшаяся в 1654 г. Русско-польская война также стала источником забот для Макария. 9 марта 1655 г. поступил царский указ о сборе с митрополичьих и монастырских вотчин по одному человеку с 50 дворов «на добром коне, с карабином, и с парою пистолей, и саблею» на государеву службу («Акты археологической экспедиции», том 4). В 1655 г. с новгородских архиерейских вотчин затребовали подводы для доставки оружия на русско-польский фронт под Смоленском. Постоянными были увеличивающиеся сборы «стрелецких хлебов». В описи ризницы Софийского собора сохранились сведения об «устроении по повелению» Макария домовою казною» трёх архиерейских митр, украшенных драгоценными камнями, золотом и серебром (11 сентября 1654 г.; 15 августа 1655 г.; 1 сентября 1656 г.), и серебряной панагии. После кончины тело Макария находилось больше трёх месяцев в церкви Рождества Христова на Владычном дворе («на сенях»), «а говорили над ним Псалтирь священницы градские день и нощь»; лишь 22 февраля 1663 г. состоялось погребение Макария, которое провёл Тверской архиепископ Иоасаф. Макарий был похоронен в притворе соборной церкви во имя великомученика Георгия Юрьева новгородского монастыря с правой стороны.