В «Винограде Российском» настоятеля Выговской пустыни Симеона Денисова (см. Денисовы) сообщается, что Макарий «тако скорбяше, тако сетовавше о оных новинах… аще аз и подписахся (под решениями Соборов), рече, трепетом мучений объятый, но вы крепко держитеся древлецерковнаго благочестия». Однако Дмитрий Фёдорович Полознев причисляет Макария к сторонникам Никона. Деятельность Макария в Новгороде, проведение им всех необходимых мероприятий не позволяют исследователям усомниться в его лояльности церковной власти. В мае 1654 г. Макарий разослал по епархии грамоту, основанную на указе патриарха Никона, с новыми строгими правилами выбора и поставления во священники и во диаконы. Среди требований к кандидатам были грамотность, достойный образ жизни, достижение 30 и 25 лет соответственно («Акты археологической экспедиции», том 4). О строгом соблюдении этого правила самим Макарием свидетельствует его отказ в 1662 г. поставить во священника подьячего Илью Елисеева по причине того, что он «не в совершенных летах» («Руская историческая библиотека», том 5). В начале 1661 г. Макарий направил архимандриту Тихвинского монастыря грамоту об исправлении церковных нестроений в Тихвинском посаде, в Нагорной десятине и 12 погостах. Перечень церковных «неисправлений» включал: неединогласное пение, неслужение молебнов в воскресные и праздничные дни, отсутствие святого мира и масла в церквах, недостойное поведение прихожан, пьянство священства и проч. В грамоте Макарий напомнил правила и сроки сбора церковных податей в софийскую казну, в чём также наблюдались «нестроения». В 1650 гг. на территории Новгородской епархии шло строительство патриаршего Валдайского Святоозерского в честь Иверской иконы Божьей Матери мужского монастыря. Макарий активно поддерживал обитель: в 1653 г. выдал благословенную грамоту и антиминсы на строительство монастырского собора и церкви во имя святого Филиппа, Московского митрополита, с трапезой. В 1655 г. направлял в монастырь каменщиков, а в дальнейшем неоднократно выделял братии монастыря хлебные и рыбные запасы из софийской казны. В феврале 1654 г. Макарий вместе с Крутицким митрополитом Питиримом и Тверским архиепископом Лаврентием участвовал в перенесении патриархом Никоном мощей преподобного Иакова Боровичского в Иверский монастырь. В декабре 1656 г. вместе с Никоном и Лаврентием Макарий вновь посетил Иверский Богородицкий монастырь, где 16 декабря 1656 г. прошло освящение Успенского собора, в котором была размещена Иверская икона Божьей Матери.