При третьем игумене (Димитрии) в Манявском скиту была певческая школа, утвердившая практику исполнения Болгарского распева. Основоположником манявской певческой практики считается иеродиакон Феодосий из Путны. Из Манявского скита происходят три «Ирмолога» «напелу болгарского». С обителью был связан иеромонах Кирилл (Транквиллион-Ставровецкий). Он переписывался с преподобным Иовом и посещал скит. В июле 1625 г. преподобный Феодосий в письме «преподобнейшему в иеромонасех господину отцу Кириллу, люботрудному проповеднику Слова Божого» просил его прибыть в скит и перевести некое послание Иерусалимского патриарха. В монастыре бывали преподобный Иов (Железо) и монах Иоанникий (Галятовский). Весной 1668 г. в Манявском скиту принял монашеский постриг Иеремия (Свистельницкий), впоследствии Львовский, Галицкий и Каменецкий епископ. Неоднократно бывал в обители будущий Львовский епископ Иосиф (Шумлянский). Так, 22 июня 1667 г. в скиту игумен Феофил вручил Иосифу (Шумлянскому) свидетельство о том, что он достоин епископства. В 1680 гг., после перехода епископа Иосифа (Шумлянского) в унию, скит с несколькими зависимыми от него обителями (в том числе Коломыйской, Тлумачской, Угорницкой) активно противостоял униатской экспансии. При этом по завещанию епископа Иосифа (Шумлянского) от 12 ноября 1707 г. православному скиту передавалась значительная сумма денег. Исследователи полагают, что на территории Манявского скита похоронен бывший гетман Войска Запорожского Иван Евстафьевич Выговский (ум. в 1664 г.). В 1930 гг. предпринимались попытки разыскать могилу гетмана, однако его останки так и не были обнаружены. В период деятельности гетмана Богдана Михайловича Хмельницкого насельники Манявского скита соблюдали подчёркнутый нейтралитет: «...Кто лучше, тому Боже помоги». За такую позицию скит получил благодарственную грамоту от польского короля Яна II Казимира и охранную грамоту от Б.М. Хмельницкого. Во время войны между Польшей и Турцией (1672–1676 гг.) в сентябре 1676 г. турецкие войска сожгли скит. Пострадала Крестовоздвиженская церковь, были утрачены богатый архив с документами на многие владения обители, библиотека. После разорения Манявский скит восстанавливался долгие годы. В 1681 г. стараниями украинских гетманов, манявских и молдавских благотворителей скит был возрождён, все постройки (в том числе и Крестовоздвиженская церковь) восстановлены. Храм был расписан иеромонахом Иовом (Кондзелевичем). В 1697 г. он поновил древний монастырский образ Николая Чудотворца (Музей искусств, Бухарест), а в 1698–1705 гг. иеромонах Иов (Кондзелевич) создал новый иконостас с разными по размеру иконами – от двухметровых до почти миниатюрных (ныне в Национальном музее Львова). Возродились и монастырские промыслы (бортничество, солеварение, бондарство), приносившие прибыль. По легенде, благотворителем Манявского скита был и Олекса Васильевич Довбуш (1700–1745 гг.), руководитель народного повстанческого движения карпатских «опришков». В начале XVIII в. на Соборе, проходившем в селе Унев (современный Перемышлянский район Львовской области), на короткий срок Манявский скит перешёл в унию, но вскоре вновь воссоединился с православием.