В 1971 г. Матта аль-Маскин вновь оказался в числе кандидатов на выборах патриарха, которым был избран друг его юности Шенуда  III (1971–2012 гг.). Оба они принадлежали к поколению религиозных энтузиастов, взращённых в недрах Движения воскресных школ, и, будучи ещё молодыми людьми, к 1940 гг. встали в авангарде коптского религиозного возрождения. И будущий патриарх (в миру Назир Гайед), и Матта аль-Маскин приняли монашеский постриг, имея на руках университетские дипломы, и некоторое время вместе подвизались в Дейр-эс-Суриан (Матта аль-Маскин даже был духовником будущего патриарха). Первоначально они выступали как единомышленники, Назир Гайед написал предисловие к первой книге Матты аль-Маскина. Однако впоследствии не без влияния политических обстоятельств встали в явную оппозицию друг к другу, представляя две основные тенденции в жизни Коптской церкви – к бурному материально-организационному развитию (патриарх Шенуда III) и к акцентированию внимания на взаимоотношениях человеческой души с Богом (Матта аль-Маскин), хотя и патриарх был плодовитым духовным писателем, и Матта аль-Маскин показал себя эффективным организатором хозяйства в возрождённом под его руководством монастыре преподобного Макария. В разгар кризиса отношений между египетскими властями и Коптской церковью президент Египта Анвар Садат, готовя указ об отмене собственного декрета об утверждении Шенуды III патриархом, в сентябре 1981 г. встречался с Маттой аль-Маскином, которого наметил в качестве преемника «неудобного» предстоятеля ещё в 1979 г. Патриархом Матта аль-Маскин так и не стал, не вошёл он также в комитет по управлению Коптской церковью, созданный после принудительной изоляции Шенуды III в монастыре преподобного Псоя (Дейр-Анба-Бишой). Относительно позиции Матты аль-Маскина высказывались две версии: одни говорили, что именно он предложил президенту изолировать патриарха, другие – что он, напротив, пытался смягчить гнев главы государства и убедил его не настаивать на выборах нового предстоятеля. В мемуарных записках Матта аль-Маскин свидетельствовал, что пытался примирить президента с патриархом, но, видя упорство Анвара Садата, предложил сформировать архиерейский совет по управлению Коптской церковью и сам рекомендовал, кого включить в его состав. В любом случае в отношениях между патриархом и игуменом после этого инцидента преобладала напряжённость. Большой резонанс в коптской среде имел публичный разбор «богословских ошибок» Матты аль-Маскина в лекциях Шенуды III. Ключевым вопросом было учение об обожении человека, которое развивал Матта аль-Маскин. Фактически он стал первым за многие века после святителей Афанасия и Кирилла Александрийских египтянином, заговорившим об этом. Однако патриарх Шенуда III воспринял рассуждения Матты аль-Маскина как еретическое нововведение, основывая свою контраргументацию на том, что обожение невозможно из-за греховной испорченности человеческой природы. Исследователи отмечают, что ряд обвинений, выдвинутых против Матты аль-Маскина патриархом и некоторыми современными коптскими богословами, основывается на использованных им сравнениях, например, чудесного насыщения хлебами с евхаристией (в толковании на Мк. 6:35–44) или распятия Иисуса Христа – со «вторым крещением кровью» (в толковании на Лк. 23), а также на утверждении Матты аль-Маскина о том, что «Христос был распят дважды», – со «вторым распятием» Матта аль-Маскин сравнивает чувство богооставленности, которое испытал Христос на Кресте, выразив его словами «Боже Мой! Боже Мой! для чего Ты Меня оставил?» (Мк. 15:34).