В Пруссии продолжил заниматься политической деятельностью, стал одним из основателей леволиберальной Прогрессивной партии, неоднократно баллотировался в прусский ландтаг (депутат в 1863–1866 и 1873–1879 гг.) и германский рейхстаг (депутат в 1881–1884 гг.). Выступал против антисемитизма (в том числе полемизировал по этому вопросу с видным прусским историком Генрихом фон Трейчке; после избрания Г. фон Трейчке в Прусскую Академию Наук Теодор Моммзен в знак протеста ушёл с поста постоянного секретаря историко-филологического отделения), против колониальной политики германского правительства, против реакционного законодательства о школах, требовал увеличения государственного финансирования университетов и библиотек. Вместе с тем был сторонником политики канцлера Отто фон Бисмарка по объединению Германии под эгидой Пруссии, поддержал начало франко-прусской войны 1870–1871 гг., агитировал за бомбардировку Парижа, выступал за ассимиляцию этнических меньшинств в составе единой германской нации. В 1897 г., во время обострения славянского вопроса в Австро-Венгрии, в печати крайне негативно высказался о чехах, назвав их «апостолами варварства». В последние годы жизни выступал за союз между либеральным и социал-демократическим движениями в Германии. В 1854 г. женился на Марии Августе Раймер (1832–1907 гг.), дочери лейципгского издателя его «Истории Рима». В браке родились 16 детей. Некоторые из потомков Теодора Моммзена стали известными историками: внуки Вильгельм Моммзен (1892–1966 гг.), Теодор Эрнст Моммзен (1905–1958 гг.) и Вольфганг Моммзен (1907–1986 гг.), правнуки Ханс Моммзен (1930–2015 гг.) и Вольфганг Моммзен (1930–2004 гг.). Теодор Моммзен считается выдающимся исследователем и научным деятелем. С 1863 г. он руководил изданием монументальной серии «Корпус латинских надписей» (при жизни Теодора Моммзена вышло двадцать томов) и позднее (в 1872 г.) – изданием дополнений к нему (девять томов), был одним из инициаторов важнейших проектов в области античного языкознания («Thesaurus linguae Latinae», 1893 г.), исторической географии (созданная в 1890–1892 гг. комиссия по изучению римской границы – лимеса, Reichs-Limes-Forschung) и просопографии («Prosopographia Imperii Romani», 1897 г.). Теодор Моммзен – один из основателей журнала по классической филологии «Гермес» (с 1866 г.), Немецкого археологического института в Риме (1871 г.). С 1875 г. активно участвовал в издании серии «Monumenta Germaniae Historica», инициатор и в 1875–1898 гг. главный редактор подсерии «Auctores antiquissimi» («Древнейшие авторы»).