Столкнувшись с многочисленными случаями «создания» святых в результате неверного прочтения эпитафий, Жан Мабильон написал «Исследование о почитании неизвестных святых» («Dissertation sur le culte des saints inconnus», 1691 г.), разоблачавшее подобную практику. Жан Мабильон воздержался от его публикации, как того, в частности, требовал кардинал Леандро Коллоредо (1639–1709 гг.), который ознакомился с текстом в 1696 г. Через два года исследование вышло анонимно (под названием «Письмо Евсевия Римлянина Теофилу Галлу о культе неизвестных святых»). Получив широкую известность, оно выдержало множество переизданий, хотя и подверглось критике со стороны Римской курии и большинства монашеских Орденов; в Конгрегации «Индекса запрещённых книг» в связи с этим произведением был начат процесс. Однако в 1705 г. с личного разрешения папы Климента XI исследование вышло вторым изданием под именем Жана Мабильона и с несколько смягчёнными формулировками. Жан Мабильон активно участвовал и в полемике, прямо не связанной с его собственными трудами. Когда в 1698–1700 гг. неизвестные памфлетисты обвинили мавристов, издателей десятого тома сочинений Августина Блаженного, в «янсенистском» содержании его богословских текстов, посвящённых благодати, Жан Мабильон вступился за коллег. Он доказал аутентичность их трактовок и отсутствие ереси в текстах Августина Блаженного; ответ Жана Мабильона был опубликован в виде предисловия к одиннадцатому тому. Позиция Жана Мабильона вызвала возражения как со стороны членов Ордена иезуитов, так и со стороны янсенистов, однако решением Папского престола дискуссия была прекращена. В 1693 г. Жан Мабильон начал работу над «Анналами ордена св. Бенедикта» («Annales Ordinis S. Benedicti»). При его жизни вышло четыре тома, охватывавших период с 701 по 1066 гг. Пятый том, подготовленный Жаном Мабильоном и посвящённый периоду с 1067 по 1116 гг., был выпущен Тьерри Рюинаром в 1713 г. Кроме того, на основе материалов, собранных Жаном Мабильоном, был подготовлен к изданию шестой том (1739 г.). Жан Мабильон принял активное участие в споре о принципах монашеской жизни. Поводом для начала дискуссии стала публикация в марте 1683 г. трактата «О святости и обязанностях монашеской жизни» («De la sainteté et des devoirs de la vie monastique») Армана Жана Ле Бутийе де Рансе (1626–1700 гг.), аббата цистерцианской обители Ла-Трап (см. Трапписты). В этой работе доказывалась необходимость полного погружения монаха в молитву и заботы о спасении души, учёные занятия осуждались.