В августе – ноябре 1696 г. Жан Мабильон со своим учеником Тьерри Рюинаром (1657–1709 гг.) посетил ряд городов и монастырей Эльзаса и Лотарингии. После этого Жан Мабильон совершал только краткие поездки для решения вопросов, возникавших в ходе работы над дополнениями к трактату «О дипломатике»: в Тур и Анже (1698 г.), Шампань (1699 г.), Нормандию (1700 г.). В 1701 г. французский король Людовик XIV присвоил Жану Мабильону титул почётного члена Академии надписей и медалей (активного участия в деятельности Академии Жан Мабильон не принимал). В декабре 1707 г., во время посещения аббатства Шель, Жан Мабильон почувствовал себя плохо, спустя неделю его перевезли в аббатство Сен-Жермен-де-Пре, где он скончался. По особому распоряжению папы Римского Климента XI (1700–1721 гг.) было нарушено правило анонимности могил бенедиктинских монахов, и на надгробии Жана Мабильона указали его имя. В 1799 г. останки Жана Мабильона перенесли из закрытого во время Французской революции аббатства в Музей памятников, а в 1819 г. они были вновь захоронены в базилике Сен-Жермен-де-Пре. Научная деятельность Жана Мабильона неразрывно связана с традициями конгрегации мавристов. С июля 1664 г. он работал над изданием полного собрания сочинений католического святого Бернарда Клервоского. Два тома собрания вышли через три года и сразу принесли широкую известность молодому учёному. Жан Мабильон систематизировал тексты Бернарда Клервоского, исправил ошибки предшествующих издателей, разделил аутентичные и сомнительные тексты, сопроводив их предисловиями, комментариями, индексами и таблицами. Второе издание этого собрания сочинений вышло в 1690 г., третье издание, подготовленное Жаном Мабильоном, было опубликовано в 1719 г. В 1667 г. Жан Мабильон и Люк д'Ашери начали работу над «Деяниями святых ордена святого Бенедикта» («Acta Sanctorum Ordinis S. Benedicti»). С 1668 по 1701 гг. вышло девять томов, охвативших период с 500 до 1100 гг. Десятый том, подготовленный Жаном Мабильоном, издан не был. Кроме публикации Житий святых бенедиктинского Ордена каждый том содержал обширные комментарии, предисловия и хронологические таблицы, дававшие подробную картину церковной и светской истории соответствующего столетия. Выход первых томов привёл к бурной полемике, посвящённой предпринятому Жаном Мабильоном разоблачению «ложных святых». Подходы Жана Мабильона подверглись жёсткой критике внутри конгрегации, где его основными оппонентами стали Антуан-Жозеф Меж (1625–1691 гг.) и Ф. Бастид (1620–1690 гг.). Кроме «преуменьшения числа святых» («diminutio sanctorum») Жану Мабильону вменялись неуважение к предшествующей традиции историков Ордена, критика их представлений и, как следствие, подрыв авторитета бенедиктинцев. После долгой дискуссии в 1677 г. на генеральном капитуле конгрегации св. Мавра была рассмотрена жалоба Ф. Бастида на Жана Мабильона. Свою позицию Жан Мабильон изложил в «Мемуаре, доказывающем должный способ издания житий наших святых» и «Ответах на замечания, сделанные Ф. Бастидом…». Он отстаивал необходимость обсуждать достоверность агиографических произведений на основе исторического анализа текстов и заявлял, что историческая истина не может навредить престижу конгрегации.