17 сентября 1670 г. в трапезной Леонидовой Усть-Недумской пустыни произошёл пожар, однако, выломав дверь, иноки увидели, что в алтаре обгорел престол, церковная одежда и утварь сгорели «без остатку», а Евангелие и антиминс остались совершенно неповреждёнными, около них даже виднелся иней. 3 июня новый престол в храме был освящён прилуцким игуменом Дионисием по благословению Ростовского митрополита. Преподобный Леонид, который до 1648 г. был строителем монастыря, скончался в 1654 г. (Библиотека Академии Наук). Храмоздательство в монастыре продолжил строитель Дионисий (1660, 1667–1680 гг.). В 1677 г. началось возведение отдельного холодного храма для чудотворной иконы «Одигитрия». При создании церкви в 1678 г. произошло чудо: строитель Дионисий, призвав местных крестьян, не имел для них достаточно съестных припасов: всего 18 хлебов на 96 человек, однако всем хватило еды и ещё осталось четыре хлеба. 31 мая 1678 г. состоялось освящение нового храма, в который перенесли из тёплой церкви икону «Одигитрия». По переписным книгам 1648 и 1678 гг., за Леонидовой Усть-Недумской пустынью числилось 45 половничьих дворов. Крестьян при пустыни было 126 человек («Вологодские епархиальные ведомости»). В переписных книгах 1710 г. сообщается о двух церквах: «В том же Ратмеровском стану пустыня Пречистыя Богородицы Одигитрие на реке на Лузе на Усть Недумы речки, а около тое пустыни ограда древяная ветхая, а в пустыне церковь Пречистые Богородицы Одигитрия, холодная, другая церковь Введения Пресвятыя Богородицы теплая с трапезою и с келарскою, да в пределе святыя великомученицы Парасковии»; среди населяющих Леонидову Усть-Недумскую пустынь названы строитель иеромонах Филарет и ещё шесть монахов с вкладчиками. В это время Леонидовой Усть-Недумской пустыни принадлежали восемь деревень. Консисторские сведения за 1725 г. называют 18 дворов со 137 крестьянами. В первой четверти XVIII в. в Леонидовой Усть-Недумской пустыни проживали пять монашествующих и отставной солдат; при обители состояли 76 служителей (вкладчиков). Леонидовой Усть-Недумской пустыни принадлежали 64 четверти пашни сенокосов на 2030 копён. Братия получала «в пропитание» хлебное жалованье и деньги – 8 руб. 80 коп. на пять человек, включая строителя (Великоустюжский филиал Государственного архива Вологодской области). В середине 1750 гг. в Леонидовой Усть-Недумской пустыни проживал только иеромонах Афанасий, количество бельцов исследователям неизвестно.