Права пустыни как самостоятельного монастыря были узаконены Ростовским митрополитом уже в 1612 г.: «...На Лузе реке усть речки Едомки зачата пустыня ново, а в ней поставлен храм древяной, теплой, во имя Пречистыя Богородицы Введения. А в пустыне черной поп Леванид, братьи у него 3 чернца. И с того храму оброком за все пошлины по 5 алтын на год; в 120 [1612] по митрополиче грамоте пожалованы; имать не велено и десятилником вьежжать и судить не велено же». Впоследствии подвижник приложил много усилий к обустройству места для будущего монастыря: в целях осушения лесных болот выкопал три канала («борозды»): от реки Лузы до Чёрного озера (900 сажён), до Святого озера (40 сажён) и далее – до Чёрной речки (800 сажён), на которой поставил мельницу, существовавшую многие годы. Однажды во время работы преподобного Леонида в левую ногу укусила змея, но тот, помолившись Богу и Богородице и услышав чудесный глас «не скорби и не думай на бежание от трудов», преподобный положил на сердце не думать об этом несчастье и, не обращая внимания на рану, продолжил свой труд (Великоустюжский филиал Государственного архива Вологодской области). В память об этом чуде подвижник назвал выкопанный им канал «Недума-река». Позже здесь была образована Леонидова Усть-недумская пустынь. Она была чернотяглой: «...Тех монастырей деревни в вытном и сошном писме с черными тяглыми волостьми написаны, и великаго государя всякие подати платят и службы служат с уездными крестьяны вместе». Считается, что самый первый монастырь, начало которому положила построенная в 1608 г. Введенская церковь, находился в деревне Старово (Старомонастырская). Впоследствии обитель (т.к. место оставалось затопляемым) перенесли на мыс у Чёрного озера, к установленному преподобным Леонидом кресту, куда он часто удалялся для уединённой молитвы. В «Сказании» зафиксировано пророчество подвижника об основании на этом месте монастыря и о своём там упокоении: «В сем месте у креста сего будет монастырь на собрание иноком и будут церкви, и звон, и людей, и пашни много. И мне умрети на сем месте» (Российская национальная библиотека). На новом месте была построена тёплая церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы с приделом во имя великомученицы Параскевы Пятницы. В её строительстве вместе с братией принимали участие жители окрестных Онтропьевой (Антропьевой) слободы и Туриной горы, в том числе и сын Никиты Назарова Григорий. Храм освятили 23 мая 1652 г. при участии архимандрита великоустюжского во имя архангела Михаила монастыря Арсения; антиминс для новой церкви был получен у Ростовского митрополита Ионы (Сысоевича).