Снятие конфликта между основными направлениями первоначального христианства отражено уже в этом раннем апостольском источнике. На начальном этапе христианской проповеди очевиден её переход на языческую почву, в котором, как подчёркивает Джозеф Лайтфут, важнейшую роль играл сам апостол Пётр. На следующем этапе решающим событием, по Джозефу Лайтфуту, был Иерусалимский Собор, который урегулировал спорные пункты между иудеохристианскими и Павловыми церквами и утвердил миссию Павла к язычникам. Однако Павел сталкивался с ожесточённой оппозицией, как подчёркивает Джозеф Лайтфут, со стороны не иудеохристианства, представляемого апостолами Иаковом, Петром и Иоанном, но радикальных иудеохристиан. В конце апостольского века церкви освобождаются от связи с иудаизмом: иудеохристиане даже в Иерусалиме объединяются с христианами из язычников. В работе о «Евангелии от Иоанна» Джозеф Лайтфут признаёт апостольское авторство и датировку I в. (после синоптических) Евангелия и в то же время влияние на него самостоятельных палестинских иудейских традиций. Предложенная Джозефом Лайтфутом ранняя по сравнению с Ф.Х. Бауром датировка «Евангелия от Иоанна» подтвердилась находками папирусов. Тюбингенскую реконструкцию истории II в. Джозеф Лайтфут со всей убедительностью ниспровергает в своём пятитомном трактате «Апостольские отцы», где указывает на отсутствие предпосылок для вывода Ф.Х. Баура о продолжении конфликта между сторонниками апостола Петра и апостола Павла во второй половине столетия. Издал сочинения священномученика Климента, епископа Римского (1869 и 1890 гг.), священномученика Игнатия Богоносца, епископа Антиохийского (1890 г.), и священномученика Поликарпа, епископа Смирнского (1890 г.). Анализ этих текстов, проведённый Джозефом Лайтфутом, позволил ему сделать выводы как об аутентичности, так и о ранней датировке этих документов (первое послание Климента (95–96 гг.), семь посланий священномученика Игнатия, Послание к Филиппийцам и Мученичество Поликарпа). Датировки этих документов дали основание для отнесения к I в. и большинства текстов Нового Завета, а также для реконструкции образа церкви в начале II в., уже свободной от последствий антагонизма между христианами из иудеев и из язычников. Джозеф Лайтфут допускает существование такого конфликта в апостольский период, но видит его причину в действиях радикальных иудеохристиан, но не апостола Петра и не иудеохристианских апостолов. Кроме того, Джозеф Лайтфут напечатал «Essays on the work entitied supernatural religion» (новое издание, 1903 г.), «Biblical essays» (1893 г.), «Dissertation on the apostolic age» (1892 г.) и др.