Я.С. Лурье подробно обосновал существование «светского направления» в русской литературе XV в., связанного и с религиозным вольномыслием, и с идеями централизованной власти и религиозного реформирования. Напротив, защитники церковной ортодоксии, согласно Я.С. Лурье, до начала XVI в. «были близки к феодальной оппозиции». В этой книге Я.С. Лурье наметил основные направления своих последующих научных работ, главнейшим из которых в 1960–1990 гг. стало изучение древнерусского летописания. Я.С. Лурье был последовательным сторонником представлений Алексея Александровича Шахматова и М.Д. Присёлкова о его сводном характере. Итогом многолетних текстологических изысканий стала монография «Общерусские летописи XIV–XV вв.» (1976 г.). В ней автор обосновал общую генеалогическую схему летописания эпохи, показал, что летописцы были всегда тенденциозными, и что наряду с великокняжескими и митрополичьими летописями могут быть выделены неофициальные оппозиционные своды. Памятники независимого общерусского летописания, согласно Я.С. Лурье, создавались в 1470–1480 гг. и были связаны с общим оживлением духовной жизни, с гуманистическими тенденциями, с распространением светской повествовательной литературы. В книге «Две истории Руси XV в.» (1994 г.) Я.С. Лурье подробно рассмотрел вопрос установления взаимоотношений летописных сводов для понимания описываемых в летописях событий политической жизни средневековой Руси и изменения отношения к ним самих летописцев. Я.С. Лурье посвятил отдельные статьи в «Словаре книжников и книжности Древней Руси» (издаётся с 1987 г.) основным реально существовавшим или гипотетическим памятникам русского летописания XIV–XV вв.; впервые создал единую схему, отражающую предполагаемое соотношение между собой всех русских летописей («Генеалогическая схема». 1985 г.). Я.С. Лурье не только исследовал текстологически корпус летописей, но и непосредственно участвовал в подготовке к изданию важнейших летописных памятников («Полное собрание русских летописей», том 33: «Холмогорская летопись». «Двинский летописец» / Составил совместно с К.Н. Сербиной; подготовка текста «Холмогорской летописи» совместно с Ю.А. Лимоновым и З.Н. Савельевой; том 38: «Радзивиловская летопись» / Предисловие, редактура совместно с М.П. Ирошниковым и М.В. Кукушкиной; том 42: «Новгородская Карамзинская летопись» / Подготовка текста: А.Г. Бобров, З.В. Дмитриева; редактура: Я.С. Лурье). По объёму привлекаемого материала и тщательности анализа работы Я.С. Лурье в области летописеведения во многом остаются непревзойдёнными. Я.С. Лурье принадлежит ряд статей в Советской исторической энциклопедии, он принимал участие в написании академической многотомной «Истории русской литературы» (Л., 1980 г., том 1) и учебника для высшей школы «История русской литературы X–XVII вв.» (М., 1980 г.). В работах 1980–1990 гг. он обращается к исследованию русской литературы XIX–XX вв., посвятив свои книги и статьи жизни и творчеству Льва Николаевича Толстого, Алексея Михайловича Ремизова, Михаила Афанасьевича Булгакова, Ильи Арнольдовича Ильфа и Евгения Петровича Петрова, Юрия Осиповича Домбровского, Александра Исаевича Солженицына и др.