«Новгородско-московская ересь», по мнению Я.С. Лурье, развилась в Новгороде из предшествующей ереси стригольников, широко распространилась среди русского городского населения (она уподоблялась «бюргерским ересям» западного Средневековья, о которых писал Фридрих Энгельс) и оказала значительное влияние на развитие русской культуры. Я.С. Лурье также подготовил к изданию комплекс источников по истории русских ересей XIV – начала XVI вв.; некоторые из них были опубликованы впервые, а другие получили научное издание согласно современным археографическим нормам. С 1954 г. Я.С. Лурье начал печататься в «Трудах Отдела древнерусской литературы» Института русской литературы (Пушкинского Дома) Академии Наук СССР (далее: ИРЛИ), ведущем научном издании по проблемам изучения древнерусской литературы и культуры. В 1957 г. по приглашению Д.С. Лихачёва перешёл на работу в ИРЛИ, где до 1982 г. работал в Отделе древнерусской литературы младшим (с 1960 г. – старшим) научным сотрудником. В эти годы выходят в свет важнейшие монографические труды Я.С. Лурье: «Идеологическая борьба в русской публицистике конца XV – начала XVI века» (1960 г.; в 1962 г. Я.С. Лурье защитил в Москве докторскую диссертацию по этой теме) и «Общерусские летописи XIV–XV вв.» (1976 г.), а также ряд изданий русских средневековых памятников литературы и публицистики, в подготовке, исследовании и комментировании которых Я.С. Лурье принимал участие: «Хожение за три моря Афанасия Никитина 1466–1472 гг.», М.; Л., 1958 г.; «Послания Иосифа Волоцкого» / Подготовка текста: А.А. Зимин, Я.С. Лурье. М.; Л., 1959 г.; «Повесть о Дракуле» / Исследование и подготовка текстов: Я.С. Лурье. М.; Л., 1964 г.; «Александрия: Роман об Александре Македонском по русской рукописи XV в.» / Издание подготовили: М.Н. Ботвинник, Я.С. Лурье, О.В. Творогов. М.; Л., 1965 г. («Литературные памятники»); «Переписка Ивана Грозного с Андреем Курбским» / Текст подготовили: Я.С. Лурье, Ю.Д. Рыков. М., 1979 г. («Литературные памятники»). Я.С. Лурье был участником коллективного многотомного труда «Памятники литературы Древней Руси», удостоенного Государственной премии РФ 1993 г. (второе, дополненное издание вышло под названием «Библиотека литературы Древней Руси»); Я.С. Лурье подготовил к изданию ряд произведений XII–XVI вв. и комментарии к ним (1982–1986 гг.). Я.С. Лурье был инициатором составления и автором нескольких разделов коллективной монографии «Истоки русской беллетристики» (1970 г.). Проблема зарождения в средневековой литературе такой черты литературы Нового времени, как сюжетное повествование, оставалась в фокусе внимания Я.С. Лурье многие годы. Ему принадлежит открытие роли и значения для древнерусской культуры выдающегося книжника XV – начала XVI вв. Евфросина Белозерского. Ряд работ Я.С. Лурье посвятил книжному и литературному наследию русских святых (преподобных Нила Сорского, Иосифа Волоцкого, Корнилия Комельского, Геннадия (Гонзова), митрополита Киевского и всея Руси Ионы), агиографическим произведениям («Житийные памятники». 1993 г.), истории Русской церкви («Борьба Церкви». 1958 г.; «Идеологическая борьба». 1960 г.; «Как установилась автокефалия». 1991 г.; и др.). В новаторской книге о духовной жизни Древней Руси («Идеологическая борьба». 1960 г.)