Рукописное наследие Леонардо да Винчи составляет 19 записных книжек и больше 300 отдельных листов, которые дают представление не только о его изысканиях в различных областях знания, от анатомии до оптики, механики и гидравлики, о его технических изобретениях, но и о его воззрениях – эстетических, философских, натурфилософских. Самое раннее собрание его заметок осталось в Милане и принадлежало Джанчокомо Тривульцио, благодаря чему получило название «Кодекс Тривульцио» («Codice Trivulziano»; хранится в Кастелло-Сфорцеско, Милан). Другие рукописи, согласно завещанию Леонардо да Винчи, перешли к его ученику Мельци; именно ему принадлежит заслуга составления «Трактата о живописи», основанного на записях Леонардо да Винчи 1490–1512 гг. (впервые опубликовано в 1651 г. Рафаэлем Трише дю Фресне во Франции). После смерти Мельци (около 1570 г.) собрание было продано скульптору Помпео Леони, который увёз его в Испанию, а после смерти Леони (1609 г.) коллекция рукописей была рассеяна. Два тома с заметками и трактатами по фортификации, механике и геометрии остались в Испании (хранятся в Национальной библиотеке города Мадрида Codex). Ещё один до 1630 г. был приобретён Томасом Говардом, графом Арунделом. Несколько рукописей Леонардо да Винчи в 1637 г. были подарены князем Галеаццо Арконати Амброзианской библиотеке. В 1796 г. 13 хранившихся в Милане записных книжек Леонардо да Винчи 1480–1490 гг., начала XVI в. и 1510 гг., включая «Трактат о свете и тени» (1490 г.), были вывезены императором Наполеоном в Париж и хранятся в библиотеке Института Франции (обозначены литерами от «А» до «К»). Их тематика охватывает военное дело, оптику, геометрию, гидравлику. Из листов, вырванных из тома «G» лордом Бертрамом Ашбернхемом, были составлены так называемые манускрипты «А» и «В» (хранились в Национальной библиотеке в Париже под шифрами 2038 и 2037, в настоящее время возвращены в библиотеку Института Франции с обозначениями «Ashb. I» и «Ashb. II»). Большая часть манускрипта «А» посвящена живописи; частью манускрипта «В», содержащего архитектурные рисунки, первоначально был 18-страничный трактат «О полёте птиц» (Королевская библиотека, Турин). Из записных книжек в Амброзианскую библиотеку вернулся (в 1815 г.) только «Атлантический кодекс» («Ambros. Codice Atlantico»), который охватывает весь творческий путь мастера и содержит письма, личные заметки, многочисленные рисунки и суждения о живописи, а также литературные отрывки, басни, предсказания. Три рукописи, включая трактат по стереометрии, принадлежавшие Джону Форстеру, хранятся в Национальной библиотеке по искусству (Музей Виктории и Альберта) в Лондоне. Анатомические штудии Леонардо да Винчи разных лет – две рукописи («A» и «B») и шесть подборок рисунков (quaderni d'anatomia I-VI) – в Королевской библиотеке Виндзора. Исследования Леонардо да Винчи «о движении и измерении вод» составляют «Кодекс Лестер» (в XVI в. принадлежал скульптору Гульельмо делла Порте (ум. в 1577 г.), в 1717 г. был продан художнику Джорджо Гецци Томасу Коуку, будущему графу Лестеру; в 1980–1994 гг. именовался «Кодекс Хаммер» по фамилии нового владельца).