В 1841 г. опубликована книга «Дух мудрования некоторых раскольнических толков» иеросхимонаха Иоанна (Малиновского). В 1838 г. по поручению епископа Николая Лев вёл беседы со старообрядцами в двух деревнях Калужского уезда. Возрождение монашеской традиции откровения помыслов, приток паломников к старцу вызвали непонимание у некоторых современников Льва, поэтому на него писали жалобы епархиальному начальству. По указу епископа Калужского и Боровского Николая (Соколова) Лев был перемещён из скита в обитель, 1 ноября 1835 г. за неимением кельи – обратно в скит, а 2 февраля 1836 г. – вновь в Оптин монастырь. Вместе со Львом из скита перешли монах Макарий (Грузинов) и послушник Григорий Лавров. В августе 1836 г. Лев поселился в келье, построенной Алексеем Ивановичем Желябужским. Вскоре ему было запрещено открыто носить схиму и принимать мирских посетителей. 17–18 июня 1837 г. Оптину пустынь вместе с епископом Николаем (Соколовым) посетил митрополит Филарет (Амфитеатров), вследствие заступничества которого гонения на старца ослабели, ему было разрешено носить схиму. Многие лишённые старческого окормления обращались и к епископу Николаю (Соколову), и к настоятелю преподобному Моисею (Путилову), и постепенно старец снова стал принимать народ, говоря: «Я к себе никого не зову; а кто ко мне приходит, тех гнать от себя не могу. Особенно в простонародии многие погибают от неразумия и нуждаются в духовной помощи. Как могу презреть их вопиющие душевные нужды?». Лев духовно окормлял монахинь из белёвского Крестовоздвиженского, севского Троицкого монастырей, Борисовской Тихвинской пустыни и др. В 1839–1841 гг. подверглись гонениям ученицы Льва из Белёвского монастыря. Сёстры пользовались наставлениями преподобного, а на откровение помыслов ходили к его ученице старице Анфии (Кононовой; 1798–1858 гг.). В 1841 г., после обвинения в ереси и в том, что монахиня Анфия (Кононова) якобы исповедует сестёр от имени Льва, она вместе с послушницей Марией Николаевной Сомовой (впоследствии игуменья каширского Никитского монастыря Макария) была выслана из обители, другие ученицы были оставлены под надзором. Впоследствии, как и предсказывал Лев, изгнанные насельницы были возвращены, а его ученица Павлина (Овсянникова; 1813–1877 гг.) стала настоятельницей обители, во всём руководствуясь советами его преемника преподобного Макария. Гонения в Белёвском монастыре отразились и на обстоятельствах жизни самого старца, которому вновь запретили принимать мирских посетителей. По свидетельству некоторых лиц, существовала возможность его перевода в другой монастырь Калужской епархии или даже в Соловецкий в честь Преображения Господня мужской монастырь. Возникающие недоразумения Лев принимал благодушно. Однако, уступая настойчивым просьбам учеников, подписал, не читая, письмо преподобного Макария настоятелю Сергиевой пустыни архимандриту Игнатию (Брянчанинову), который обратился с ходатайством о старце к митрополиту Филарету (Дроздову). Митрополит Филарет писал епископу Николаю (Соколову), что «ересь предполагать в о. Леониде нет причины». В сентябре 1841 г. у старца побывал инок Парфений (Агеев), который оставил рассказ об этом посещении в своём «Сказании о странствии и путешествии по России, Молдавии, Турции и Святой Земле…». Лев был похоронен 13 октября 1841 г. за алтарём Никольского придела Введенского собора при огромном стечении народа. 20 мая 1842 г. литию на могиле отслужил митрополит Филарет (Амфитеатров), в июне 1843 г. – Калужский епископ Николай (Соколов). Чугунный памятник на могиле был установлен 24 декабря 1843 г.