До осени шли кровопролитные бои маронитских частей армии и сирийцев. Постепенно военные успехи стали сопутствовать мусульманскому правительству, на его сторону склонялось и международное признание. Арабские страны, Франция, ООН прилагали посреднические усилия к прекращению войны. В сентябре 1989 г. Сирия приняла план прекращения огня и национального примирения, не требовавший вывода её войск. С 30 сентября по 22 октября в саудовском городе Эт-Таиф прошла сессия ливанского парламента, который принял «Документ национального взаимопонимания», определявший новые параметры устройства государства. Ливан провозглашался «исконной родиной всех его сынов», страной, имеющей арабскую идентичность. Взаимное соглашение ливанских общин о совместном проживании объявлялось источником легитимности власти. Перестраивалась политическая система страны. Исполнительная власть передавалась от президента к премьеру и в меньшей степени – к спикеру парламента. Таким образом марониты утрачивали многие рычаги политического влияния. Устанавливалась равная пропорция христиан и мусульман во власти. На средних и низших постах пропорции упразднялись. Армия и органы госбезопасности были подчинены парламенту, который мог объявлять чрезвычайное положение, войну и заключать мир. Все партийные вооружённые формирования, ливанские и палестинские, распускались. Декларировались особые отношения с Сирией: Ливану не разрешалось быть «источником угрозы сирийской безопасности», плацдармом для любой силы, враждебной Сирии. Мишель Аун объявил Таифские соглашения предательством национального суверенитета. Однако некоторые маронитские лидеры, в том числе руководство «Ливанских фаланг», признали новую политическую систему. Правительство аль-Хосса объявило о смещении Мишеля Ауна с поста главкома. Центральный банк перестал финансировать его структуры. В обмен на вступление Сирии в антииракскую коалицию осенью 1990 г. Хафез Асад получил от США свободу действий в Ливане. 13 октября сирийские войска и мусульманские части ливанской армии взяли штурмом христианский анклав и разбили войска Мишеля Ауна, оказавшие незначительное сопротивление. Мишель Аун укрылся во французском посольстве, а потом уехал во Францию, где стал лидером антисирийской оппозиции ливанских эмигрантов. Следующие 15 лет Ливан существовал фактически как протекторат Сирии, в стране оставался значительный контингент сирийских войск. В декабре 1990 г. было сформировано правительство национального примирения, включавшее лидеров большинства группировок. С сирийской помощью ливанская армия стала самой мощной силой в стране и поставила под свой контроль все зоны влияния милиций, включая кантон друзов и палестинские лагеря. В 1994 г. было сломлено сопротивление «Ливанских сил» и арестован их лидер Джаджа. Единственной партией, сохранившей военные структуры, осталась «Хизбалла», которой покровительствовала Сирия. Боевики «Хизбаллы» (с 1992 г. лидер – Хасан Насралла) продолжали партизанскую борьбу против израильских войск в «зоне безопасности» вплоть до окончательного ухода израильтян в мае 2000 г.