В начале XVII в. в монастыре насчитывалось три деревянные церкви; они погибли вместе с остальными постройками при пожаре в 1665 г. Новый каменный собор был заложен на деньги Патриарха Московского и всея Руси Иоакима, принявшего в Межигорском монастыре монашеский постриг. Облик разрушенного в 1936 г. собора известен исследователям по обмерам архитектора Андрея Ивановича Меленского начала XIX в. и рисунку Тараса Григорьевича Шевченко 1843 г. (он представлял собой пятиглавый крестово-купольный шестистолпный храм; монументальность сооружения подчёркивала окружающая собор одноэтажная закрытая галерея). В Переяславе на средства Переяславского полка в 1646–1666 гг. был построен Михаило-Архангельский собор. Возведённый на месте древнего храма, разрушенного в 1239 г., во время нашествия хана Батыя, собор относится к трёхчастному типу, его гранёные апсида и притвор примыкают к прямоугольному центральному объёму. Внешний декор включает фриз из круглых керамических вставок, в оконных фронтонах размещены орнаментальные и сюжетные рельефы. В 1745 г. рядом с собором было построено единое здание колокольни, трапезной и келий. По инициативе гетмана Ивана Степановича Мазепы в Переяславе был возведён собор Вознесенского монастыря (1695–1700 гг.). Девятичастный храм имеет в основе плана крест и увенчан куполом на высоком двухъярусном гранёном барабане; рукава креста завершены высокими фронтонами «волнистой» формы, а стены декорированы плоскими раскрепованными пилястрами. Внешний вид и внутреннее пространство собора создают эффект устремлённости вверх. На протяжении XVIII в. монастырский ансамбль был дополнен зданием коллегиума (1753–1757 гг.) и колокольней в барочных формах (1770–1776 гг.), к которой в 1782 г. была пристроена церковь великомученицы Варвары (разрушена во время Великой Отечественной войны, когда монастырь сильно пострадал). Покровская церковь в Переяславе (1704–1709 гг.; разобрана в 1936–1937 гг.), возведённая на средства сподвижника И.С. Мазепы полковника Ивана Михайловича (Ивановича?) Мировича, была крестообразной в плане, с тремя главами. По заказу архимандрита Киево-Печерской лавры Луки (Белоусовича) на принадлежавших лавре землях в Василькове в 1756–1758 гг. был построен собор во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских. Работами руководил Степан Демьянович Ковнир. По планировке, композиции и художественным особенностям храм близок к собору в честь Рождества Пресвятой Богородицы в Козельце (1752–1763 гг., архитектор Андрей Васильевич Квасов), который, как полагают исследователи, послужил для него прототипом. Выгодно расположенный на высоком городском холме храм стал градостроительной доминантой. Четырёхстолпный собор имеет план в виде квадрифолия, полуциркульные ризалиты завершены полукруглыми фронтонами. Необычна, по мнению исследователей, для украинских церквей постановка пяти глав: они расположены не традиционно, в виде креста, рукава которого ориентированы по сторонам света, а по диагонали над угловыми ячейками. Декор характерен для украинского барокко: пилястры с лепными капителями на фасаде, плавно изогнутые фронтоны над окнами, раскрепованные карнизы. В середине XVIII в. была построена Успенская церковь в Барышевке (уничтожена в середине 1930 гг.). Трёхчастный храм завершала двухъярусная барочная глава на световом барабане и две маленькие декоративные главки – над алтарём и притвором. Традиционный для украинского барокко декор был дополнен фризом из керамических вставок. Характерными архитектурными деталями этого храма были крестообразные окна на фасадах и фронтон над входом с нишами-киотами для икон и барочной лепниной, которая «спускалась» до середины стены.