Косма Фламиатос проявил себя не только как подвижник в миру, но и как проповедник-богослов, успешно противопоставивший свои взгляды пиетистским и схоластическим построениям западных миссионеров. В центре его мировоззрения лежала приверженность аскезе, Косма Фламиатос призывал к участию в литургической жизни церкви и указывал на необходимость правильного духовного наставничества. Косма Фламиатос полагал, что национальное возрождение возможно только через консолидацию греков вокруг православной церкви. К числу врагов церкви, ведущих сознательную политику, направленную на умаление её авторитета, Косма Фламиатос относил британские власти, инославного короля Греции Оттона, католических и протестантских миссионеров, масонов и сторонников западноевропейского Просвещения. Косма Фламиатос выступал с критикой сложившейся в новом греческом государстве системы образования, вдохновляемой позитивизмом и идеями Французской революции. Кроме того, осуждал проводимую властями политику секуляризации и насаждения западноевропейского образа жизни, разрушавшего традиционные основы греческого быта. Особые надежды Косма Фламиатос связывал с афонским монашеством. Именно на Святой Горе, по его мнению, «благодатью Божьей сохраняется подлинный образец православного образа жизни», ведь «только Афон избежал искажения и загрязнения». С монашеством Косма Фламиатос связывал надежду на сохранение идентичности греков и всех православных христиан. Он полагал, что экспансионистская политика Великобритании и других стран Запада, посылавших на Балканы своих миссионеров, может быть успешно реализована только после дискредитации или значительного ослабления православного (и прежде всего, афонского) монашества. Косма Фламиатос мечтал об освобождении Константинополя и о воссоздании Византийской империи. При этом он не отрицал вооружённую борьбу и стремился способствовать дальнейшему освобождению контролируемых турками территорий. В то же время полагал, что западные державы (в особенности Великобритания) воспользовались греческой революцией 1821–1829 гг. в собственных интересах: желаемого воссоздания православной империи достигнуто не было, а Греция оказалась под управлением «баварского регентства». При этом некоторые представители духовенства «во время войны с османами взяли в руки оружие. Это с точки зрения учения Православной Церкви представляет собой явление беспрецедентное, странное и отвратительное». Участие церковных деятелей в вооружённой борьбе Великобритания использовала для того, чтобы «способствовать пренебрежению, ненависти, отвращению и заговору против клира как со стороны властей, так и народа». По мнению Космы Фламиатоса, членами «Дружеского общества» (Филики Этерия), боровшегося за независимость греческого государства, были не только многие представители высшего и низшего духовенства, но и Константинопольский патриарх Григорий V (1745/1746 – 1821 гг.). Косма Фламиатос осуждал их за участие в этой тайной организации и поддержку греческой революции, поскольку тем самым они невольно способствовали реализации чуждых Греции интересов.