4 марта 1919 г. братия лавры во главе с Кронидом обратилась к председателю Совнаркома с просьбой запретить вскрытие раки с мощами преподобного Сергия. 20 марта патриарх Московский и всея России Тихон (Беллавин) также обратился к председателю Совнаркома по поводу кампании по вскрытию мощей. Несмотря на просьбы верующих, решение о вскрытии мощей преподобного Сергия было принято на пленуме местного городского Совета 1 апреля 1919 г. Это было подтверждено Московским губисполкомом 4 апреля того же года. Вскрытие мощей преподобного Сергия было произведено 11 апреля. Кронид отказался собственноручно вскрывать гробницу, поручив это иеромонаху Ионе, благочинному лавры. Вскрытие мощей продолжалось в течение двух часов. Ночью 3 ноября 1919 г. в лавре неожиданно был произведён обыск и изгнание всей братии. Лаврских монахов выселили в Гефсиманский скит. 26 марта 1920 г. вышло постановление Президиума Мосгубисполкома «О закрытии Троице-Сергиевой лавры и передаче мощей лавры в московский музей». Закрытие лавры произошло 7 мая 1920 г. патриарх Тихон (Беллавин) 10 мая 1920 г. осудил закрытие лаврских храмов и намерение вывезти оттуда мощи как нарушение декрета «Об отделении церкви от государства…». Мощи преподобного Сергия остались в лавре. После закрытия лавры некоторые монахи проживали в Гефсиманском скиту, а другие (в том числе и Кронид) поселились в Сергиеве (ныне Сергиев Посад) на частных квартирах. Кронид после закрытия был оставлен как староста охраны лавры. Находившиеся с ним 43 монаха, сторожа музея образовали «малую Лавру».  Богослужения проходили в сергиевской Пятницкой церкви «на Подоле». К 1926 г. оставленные при музее монахи были уволены, и в мае 1928 г. лаврские храмы на Подоле были закрыты. В 1920–1922 гг. Кронид жил в селе Братовщина у старосты храма, в 1922–1926 гг. – в Гефсиманском скиту, в 1926–1929 гг. – в скиту Параклит, с 1929 г. до ареста – в частном доме недалеко от Кукуевского кладбища в Сергиеве. Он продолжал оказывать поддержку инокам, заботился об окормлении своих духовных чад из мирян. С 1935 г. Кронид стал быстро слепнуть. 21 ноября 1937 г. он был арестован и заключён в Таганскую тюрьму в Москве. Вместе с группой монахов, духовенства и мирян обвинялся в контрреволюционной деятельности, создании монархической группировки, сохранении нелегального монастыря, поддержке находящихся в ссылках и тюрьмах и вернувшихся оттуда монахов лавры. На допросе Кронид заявил, что по убеждениям является монархистом, но участником контрреволюционной группировки себя не признал и назвать имена монахов и мирян, посещавших его, отказался. 7 декабря 1937 г. Особая тройка УНКВД по Московской области приговорила Кронида к расстрелу. Казнён на полигоне Бутово под Москвой, вместе с Кронидом были расстреляны ещё десять человек из числа лаврской братии и сергиевского духовенства. Их тела погребены в безвестной общей могиле. Материалы для канонизации Кронида были собраны трудами архимандрита Георгия (Тертышникова, ум. в 1998 г.) и братии Троице-Сергиевой лавры. Кронид прославлен архиерейским Собором РПЦ 13–16 августа 2000 г.