9 января 1915 г. Кронид был назначен наместником Троице-Сергиевой лавры вместо уволенного на покой архимандрита Товии (Цимбала). Одним из первых его дел в должности наместника было учреждение в лавре лазарета для раненых воинов. Был членом поместного Собора Православной Российской церкви 1917–1918 гг., в связи с чем временно переехал в Москву. Кронид был не только талантливым хозяйственником, но и опытным духовным наставником своей паствы, и, прежде всего, братии лавры. За помощью и советом к нему обращались многие выдающиеся его современники, в том числе великая княгиня Елизавета Фёдоровна, профессоры Московской духовной академии Александр Иванович Введенский, Александр Александрович Яблонский. Кроме того, Кронид был ревностным проповедником, убеждённым в том, что проповедь слова Божия есть неотъемлемая часть пастырского служения. Основным источником проповедей было Священное Писание и толкование его святыми отцами. Исследователи  отмечают, что его поучения отличались простотой изложения и сердечностью. Важнейшими и основополагающими добродетелями Кронид считал смирение и милосердие. Видя ослабление веры в русском обществе, он призывал своих соотечественников к покаянию, предупреждая о грядущих от распространяющегося вольнодумства и неверия бедах. В целях духовного просветительства Кронид занимался также фиксацией некоторых случаев благодатного Божия покровительства верующим. По словам архимандрита Вениамина (Милова; впоследствии епископ), «он был исполнен какой-то неутолимой жажды всюду наблюдать случаи приникания Неба к земле и примечать непосредственные действия Божии в людях всех возрастов и положений». Проповеди и рассказы Кронида впоследствии были опубликованы по благословению патриарха Московского и всея Руси Алексия II (Ридигера), который был глубоким почитателем его трудов. Как наместник Троице-Сергиевой лавры, Кронид оказался в центре событий, связанных с закрытием обители советскими властями. 31 августа 1918 г. сотрудники ВЧК произвели обыск в Гефсиманском скиту. Осенью того же года началась конфискация имущества, принадлежащего лавре. После национализации земельных владений лавры Наркомпрос 1 ноября 1918 г. утвердил Комиссию по охране памятников старины и искусства Троице-Сергиевой лавры. В начале 1919 г. вышло постановление президиума Московского Совета о передаче монастырских помещений Отделу народного просвещения. В лавре была создана трудовая артель. В то же время в местной газете «Трудовая неделя» стали появляться клеветнические и хулительные статьи о лавре, о мощах Сергия Радонежского и возможности их вскрытия. В дни Великого поста в Трапезном храме лавры по этому поводу состоялось большое собрание верующих. Кронид произнёс речь, в которой призвал верующих защитить от поругания священное место, где отпечатались стопы преподобного Сергия Радонежского. Вскоре после этого в храмах лавры, в академическом храме и посадских приходских церквах стали собирать подписи под прошением Совнаркому не вскрывать мощи преподобного Сергия Радонежского.