Кроме того, обжалование Синодом Эстонской православной церкви отказа в регистрации в судебном порядке открывало возможность последующего рассмотрения искового заявления в Европейском суде по правам человека. В этих условиях премьер-министр Эстонии Март Лаар в письме от 4 сентября 2001 г. сообщил патриарху Алексию II (Ридигеру), что эстонское государство согласно легализовать Эстонскую православную церковь в юрисдикции Московского патриархата. 17 апреля 2002 г. МВД Эстонии зарегистрировало Устав Эстонской православной церкви Московского патриархата и три прихода церкви. Однако продолжал оставаться неурегулированным вопрос о признании прав Эстонской православной церкви на исторически принадлежащее ей имущество, которое было передано или находилось в процессе передачи Эстонской Апостольской православной церкви Константинопольского патриархата. Назначенный Константинопольским Синодом 13 марта 1999 г. митрополит «Таллиннский и всея Эстонии» Стефан (Хараламбидис) соглашался вести переговоры по имущественному вопросу только с правительством Эстонии. 4 октября 2002 г. власти Эстонии, взяв на себя посредничество в межцерковном имущественном споре, заключили протоколы о намерениях с Эстонской Апостольской православной церкви и Эстонской православной церкви. Согласно этим документам, имущество Эстонской православной церкви было закреплено за её приходами с правом пользования (за символическую сумму), но не собственности. Эстонское правительство выделило Эстонской Апостольской православной церкви Константинопольского патриархата компенсацию в размере 35,5 млн. эстонских крон в качестве «пособия для финансирования реставрации церквей и иных сакральных зданий и приходов». Таким образом, православные Эстонской православной церкви Московского патриархата становились лишь арендаторами собственных храмов. Это противоречило цюрихскому (1996 г.) и берлинскому (2001 г.) соглашениям между Константинопольским и Московским патриархатами, в соответствии с которыми все православные Эстонии должны были получить равные права, включая право на имущество. Дальнейшие встречи и переговоры Корнилия с митрополитом Стефаном (Хараламбидисом) не привели к сближению позиций, поскольку представители Эстонской Апостольской православной церкви Константинопольского патриархата заявили, что вопрос о передаче в собственность Эстонской православной церкви Московского патриархата используемых ею храмов они готовы рассматривать только в обмен на признание Эстонской Апостольской православной церкви Константинопольского патриархата автономной поместной церковью. Выступая 4 октября 2004 г. на архиерейском Соборе РПЦ, Корнилий рассказал о нерешённых проблемах православия в Эстонии, ставших следствием незаинтересованности эстонской структуры Константинопольского патриархата в реализации цюрихских и берлинских соглашений. Архиерей отметил, что до полного исполнения этих соглашений «невозможно восстановление канонического общения с отколовшейся от Эстонской православной церкви Московского патриархата структурой, действующей как Эстонская Апостольская православная церковь Константинопольского патриархата».