В 1994 г. власти Эстонской Республики обратились в Константинопольский патриархат (КП) с предложением принять в свою юрисдикцию православные приходы Эстонии. Несмотря на ряд встреч по эстонскому церковному вопросу в 1994–1995 гг. делегаций Московского и Константинопольского патриархатов (во многих принимал участие Корнилий), 20 февраля 1996 г. Синод Константинопольского патриархата, сославшись на просьбу правительства Эстонии, принял решение о принятии Эстонской Апостольской православной церкви в свою юрисдикцию, что привело к временному приостановлению канонического общения между РПЦ и Константинопольской церковью. 3 и 22 апреля 1996 г. прошли переговоры делегации РПЦ с представителями Константинопольского патриархата в Цюрихе. В результате были выработаны соглашения, по которым православным приходам в Эстонии предоставлялась возможность выбора юрисдикционной принадлежности. На этих условиях было восстановлено прерванное ранее евхаристическое и каноническое общение между двумя патриархатами. 23 августа того же года в Таллинне совместная комиссия двух патриархатов согласовала списки определившихся в своей юрисдикции приходов (за исключением тартуского Успенского и валгаского Исидоровского приходов, решение по которым было отложено). Поскольку власти Эстонии по-прежнему отказывали Эстонской православной церкви в государственной регистрации, 16 февраля 1999 г. Корнилий направил письмо Б. Брауну, главе миссии ОБСЕ в Таллинне, с изложением ситуации, возникшей вокруг Эстонской православной церкви. Корнилий заявил, что согласно решению Синода РПЦ будет вынужден направить петицию в Европейский суд по правам человека и просил довести содержание этого обращения до сведения ожидавшегося в Вене форума ОБСЕ. Обращение Корнилия к миссии ОБСЕ вынудило эстонские власти изменить свою позицию. 4 марта того же года министр внутренних дел Эстонии О. Тааль в письме патриарху Московскому Алексию II (Ридигеру) предложил выработать компромиссный вариант преамбулы уставного документа, предоставляемого Эстонской православной церкви для регистрации в МВД Эстонии. Преамбула должна была быть составлена так, чтобы, «с одной стороны, отражала историческую преемственность церковной деятельности, а с другой – не вступала бы в противоречие с положениями действующего законодательства». Однако на практике эстонские власти продолжали затягивать решение вопроса о предоставлении Эстонской православной церкви официального статуса. В марте 1999 г., ещё до общей регистрации Эстонской православной церкви, были зарегистрированы в качестве ставропигиальных учреждений Московской патриархии таллиннский Александро-Невский собор и Пюхтицкий в честь Успения Пресвятой Богородицы женский монастырь. В августе 2000 г., после внесения изменений, Устав Эстонской православной церкви был подан для регистрации в МВД Эстонии, но и после этого власти пытались добиться новых уступок, низводящих автономную Эстонскую церковь до положения новообразованной зарубежной епархии РПЦ, что встречало решительные возражения со стороны Корнилия. Многократные отказы эстонских властей зарегистрировать Эстонскую православную церковь и дискриминация православных верующих, сохранивших верность Московскому патриархату, вызвали международный резонанс, наносили ущерб престижу Эстонии, и в частности российско-эстонским отношениям.