В июле 1906 г. возглавлял думскую делегацию на четырнадцатой международной межпарламентской конференции в Лондоне. После роспуска Думы первого созыва отказался подписать «Выборгское воззвание». В 1907 г. избран членом Государственного совета от академических организаций и университетов. Был профессором Петербургского университета (1905–1916 гг.), преподавал также в Петербургском политехническом институте и на Высших женских курсах. Участвовал в организации Психоневрологического института. С 1910 г. Психоневрологический институт стал частным Петроградским университетом. В рамках этого института М.М. Ковалевский вместе с социологом Е.В. де Роберти создал первую в России кафедру социологии, преодолев сопротивление министра народного просвещения, по мнению которого кафедра социологии могла скомпрометировать учебное заведение. С 1910 г. М.М. Ковалевский – декан юридического факультета частного Петроградского университета. Его первыми учениками были Питирим Александрович Сорокин, Константин Михайлович Тахатарев, Николай Дмитриевич Кондратьев, Николай Сергеевич Тимашев, ставшие впоследствии социологами мирового уровня. С 1908 г. М.М. Ковалевский – президент Педагогической академии Санкт-Петербурга, а с 1914 г. – председатель Петербургского юридического общества. Активно участвовал в антивоенном движении, был председателем Санкт-Петербургского отделения Общества мира. В «Новом энциклопедическом словаре» Фридриха Арнольда Брокгауза и Ильи Абрамовича Ефрона вёл в соавторстве отдел политических и юридических наук, кроме того, участвовал в создании «Энциклопедического словаря» братьев Александра Наумовича и Игнатия Наумовича Гранат. С именем М.М. Ковалевского связано также формирование секции социологии при Историческом обществе в Санкт-Петербургском университете в 1912 г. В 1912 г. был номинантом на Нобелевскую премию мира. Один из основателей партии прогрессистов, в 1912–1914 гг. – член её ЦК. Начало Первой мировой войны застало М.М. Ковалевского в Карлсбаде на лечении. Как русский подданный он был интернирован до весны 1915 г., затем вернулся в Россию. Скончался в Петрограде 23 марта (5 апреля) 1916 г. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры; в похоронах принимало участие до 100 тыс. человек. В 1916 г. в Московский университет по завещанию М.М. Ковалевского поступила его личная библиотека, состоящая из 7190 томов книг по истории, экономике, праву, произведений мировой литературы. В коллекции представлено большое количество ценных автографов. В настоящий момент библиотека М.М. Ковалевского хранится в Отделе редких книг и рукописей Научной библиотеки МГУ имени М.В. Ломоносова.