В 1887 г. был награждён Большой золотой медалью отделений этнографии и статистики Русского географического общества. В 1887 г. по приказу министра народного просвещения Ивана Давыдовича Делянова уволен из университета и с этого времени жил преимущественно за границей, в основном, в Лондоне, Париже, на своей вилле Батава в Больё-сюр-мер около Ниццы. Выступал с лекциями в Стокгольме, Оксфорде, Брюсселе, Чикаго и других городах по приглашениям от университетов и частных фондов. В 1901 г. вместе с Евгением Валентиновичем де Роберт и Ю.С. Гамбуровым основал в Париже Русскую высшую школу общественных наук, где проходили обучение российские политики оппозиционного направления. Лекции в ней читали учёные и политические деятели самой разной ориентации (Сергей Андреевич Муромцев, Пётр Бернгардович Струве, Георгий Валентинович Плеханов, Владимир Ильич Ульянов (Ленин), Жан Габриэль Тард). Однофамильцы Софья Васильевна Ковалевская и М.М. Ковалевский встретились в самом конце её жизненного пути. В 1888 г. М.М. Ковалевский был приглашён Фондом Лорана (Швеция) для чтения лекций для студентов. Его первую лекцию посетила С.В. Ковалевская (овдовевшая в апреле 1883 г. после самоубийства мужа), которая впоследствии прослушала и остальные его лекции. Они влюбились друг в друга с первого взгляда. В декабре 1888 г. М.М. Ковалевский присутствовал на торжественном заседании Парижской Академии наук, где С.В. Ковалевской и математику Пьеру Лорану вручали Премию Бордена «за дальнейшее решение задачи о вращении в каком-нибудь существенном пункте». Несмотря на искренние чувства, С.В. Ковалевская не пожелала сразу оформлять их отношения. В 1890 г. после совместной поездки по Ривьере Максим Максимович и Софья Васильевна расстались на некоторое время, назначив свадьбу на лето 1891 г. Новый год они встречали в Генуе, а 10 февраля 1891 г. Софья Ковалевская скончалась от тяжёлого воспаления лёгких. В августе 1905 г. во время революции М.М. Ковалевский возвратился в Россию и активно включился в политическую жизнь. В сентябре 1905 г. участвовал в съезде земских и городских деятелей в Москве. Стал одним из основателей Партии демократических реформ, в которую также входили Владимир Дмитриевич Кузьмин-Караваев и Сергей Дмитриевич Урусов  Активно сотрудничал в различных газетах. В 1906 г. избран членом первой Государственной думы от Харьковской губернии. Был председателем комиссии по составлению наказа, входил в четыре другие комиссии, выступал в Думе 62 раза по большинству обсуждавшихся вопросов.