Тем не менее, этноним «копты» не распространялся на мелькитов – членов Александрийской православной церкви, даже на тех из них, кто были местного происхождения и в Средние века говорили по-арабски. Характерно, по мнению исследователей, что православный Александрийский патриарх X в. Евтихий (Саид ибн Битрик) в своей летописи употребляет слово «копты» то как этноним, упоминая котов наряду с другими африканскими народами среди потомков Хама, то как указание на монофизитскую этноконфессиональную общность, противопоставляя её православным «румам» (ромеям) при описании арабского завоевания Египта. Сами копты в Средние века не воспринимали себя как замкнутую «этноцерковь». Их самосознание определялось религиозными, а не этническими категориями. Самым частотным самоназванием средневековых коптов было «христиане». Если требовалось подчеркнуть отличие от мелькитов (румов), копты именовали себя «православные». Ещё в VIII в. как мелькиты в отношении коптов, так и сами копты в официальных документах использовали наименование «феодосиане»), которое отражает память о расколе VI в., когда монофизитская община Египта разделилась на сторонников патриархов Гайана и Феодосия I. В официальной документации коптской Александрийской патриархии начала XII в. исследователи встречают такие варианты коптских самоназваний, как «яковитская община», «православная/христианская Церковь», «египетские яковиты». Самоназвание «копты» также употреблялось: например, в церковных канонах 1230 гг. фигурируют такие понятия, как «вера коптов», «обычай коптов», «коптские церкви», а церковь именуется «Коптская яковитская». При этом копты отличали себя от иноязычных единоверцев-монофизитов: армян, эфиопов, нубийцев. Легче всего ассимилировались в коптской среде сиро-яковиты, носители той же арабоязычной культуры, что и христиане Египта. Несколько коптских патриархов были по происхождению сирийцами, встречались монахи и священники – выходцы из Нубии и Эфиопии. В Новое время некоторая часть коптской общины перешла в католичество (см. Коптская католическая церковь), протестантизм (Евангелическая церковь Египта – Нильский Синод и др.) или отошла от религии. Тем не менее, на них распространяется наименование «копты», которое таким образом снова превращается из конфессионального понятия в (суб)этническое. В XX в. в коптской среде появились националистические течения, считающие коптов особой нацией и выдвигающие проекты различных форм национального самоопределения. В то же время большинство современных коптов, сохраняя свою христианскую идентичность, отождествляют себя с египетской нацией.