Учебный курс коллегиума в разное время (от основания его до преобразования в семинарию) изменялся: то вводились новые предметы, то исключались некоторые науки. Полный объём этого курса составляли следующие предметы: богословие, ифика, философия, история, география, естествознание, физика, арифметика, геометрия, архитектура, инженерство, артиллерия, геодезия, риторика, пиитика, музыка, рисование, языки – русский, славянский, латинский, греческий, еврейский, французский, немецкий и итальянский, сельское хозяйство и медицина. Харьковский коллегиум принадлежал к числу выдающихся учебных заведений ХVIII в. Это было образцовое училище на юге России, первое после Киевской академии, весьма важный просветительный центр, который принёс отечеству огромную пользу. Уже в 1730 гг. коллегиум составлял гордость не только Слободской Украины, но и всей России. Когда в 1739 г. архиепископ Белоградский Пётр (Смелич) по причине свирепствовавшей в Харькове эпидемии, перевёл коллегиум в архиерейскую слободу Грайвороны и хотел было оставить его там навсегда, Священный Синод писал ему, что «таковым знатным училищам в селех быть весьма неприлично, а наипаче от внешних стран имеет быть не без зазрения». В начале XIX в. епископ Слободско-украинский Христофор (Сулима) в своём письме к обер-секретарю Священного Синода Савицкому называл коллегиум «наилучшим училищем в отечестве». Ректору коллегиума было велено носить мантию со скрижалями и крест, по примеру ректора Московской академии, а также – носить панагию и употреблять рипиды. Сравнение ректора коллегиума с ректором академии, а также совпавшее с ним по времени расширение круга наук коллегиумского преподавания послужили поводом к усвоению коллегиуму названия академии: его называли иногда Харьковской академией, или Тихорианскою академией (по имени основателя его – Епифания Тихорского). Коллегиум имел огромное просветительное значение. Коллегиумисты, ещё находясь на школьной скамье, были насадителями просвещения, в разных местах обучая детей грамоте и наукам. Поскольку коллегиум был единственным общеобразовательным заведением в Слободской Украине, то к нему обращались за учителями со всей Украины и далее со всего юга России люди разных званий и положений: духовенство, дворяне, купцы, мещане, – и коллегиумисты, с разрешения начальства, проводили на так называемых кондициях не только свободное время, но и учебное. После окончания коллегиума его воспитанники распространяли просвещение в местах своей службы в духовном и гражданском ведомствах. Очень многие из окончивших курс в коллегиуме поступали в разные учебные заведения – духовные академии, медицинские школы, народные училища, сельскохозяйственные школы, университеты; чрез них им открывались разные поприща государственной и общественной деятельности, – и здесь они также являлись насадителями просвещения. Из бывших воспитанников коллегиума вышло немало выдающихся деятелей: киевские митрополиты Арсений (Могилянский) и Гавриил (Кременецкий), профессоры Московского университета Иван Алексеевич Двигубский, Ефрем Осипович Мухин и Михаил Тимофеевич Каченовский, украинский философ Григорий Саввич Сковорода, украинские литераторы Степан Писаревский, Пётр Степанович Писаревский, Порфирий Корениций, С. Александрович и другие.