В июне 1994 г. храмы Космина Яхренского монастыря были преобразованы в Космино-Успенское подворье владимирского в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыря. Настоятелем подворья был назначен иеромонах Александр (Петров; ум. 23 мая 2002 г.). Первыми насельниками стали 13 человек. По воспоминаниям старожилов, при помощи прихожан начался ремонт келий для проживания братии подворья и приёма паломников, проводились занятия в воскресной школе для детей. 28 сентября 1995 г. решением архиепископа Владимирского и Суздальского Евлогия (Смирнова) подворье стало мужским монастырём; старшим был назначен иеромонах Афанасий (Селичев). В ноябре 1996 г. комплекс зданий Космина Яхренского монастыря был передан Владимирской епархии, а определением Синода от 27 декабря 1996 г. получено благословение на открытие мужского монастыря, наместником которого был утверждён иеромонах Афанасий. В конце 1996 г. в Космином Яхренском монастыре проживали два иеромонаха, два иеродиакона и три трудника, в 1998 г. – три иеромонаха (наместник, эконом, регент), священноинок, просфорник, три послушника и два клирика. К монастырю была приписана Покровская церковь села Лыкова Юрьев-Польского района. С 7 марта 2000 г. наместником был назначен иеромонах Кирилл (Сурков), однако по состоянию здоровья в должность не вступил. Определением Синода от 3 апреля 2001 г. иеромонах Афанасий был освобождён от должности наместника, и на его место назначен иеромонах Алексий (Яцурин). 10 апреля 2001 г. распоряжением архиепископа Евлогия (Смирнова) для укрепления дисциплины и возрождения Космина Яхренского монастыря в порядке исключения обитель была приписана к Зосимовой пустыни Смоленской иконы Божьей Матери в распоряжение наместника архимандрита Нила (Сычёва). 6 июля 2001 г. иеромонах Алексий был назначен настоятелем Смоленской Зосимовой пустыни, а 10 июня освобождён от обязанностей настоятеля с утверждением в этой должности иеромонаха Серафима (Котенёва; с 2003 г. – игумен). Проведена работа по юридическому оформлению монастырского комплекса. С 2014 г. монастырь подведомствен Александровской епархии Владимирской митрополии. К 1 апреля 2001 г. в Космином Яхренском монастыре проживали настоятель-иеромонах, три иеромонаха, священноинок, два послушника, к концу 2001 г. – три иеромонаха, иеродиакон, пять послушников, в 2007 г. – 17 насельников, к маю 2015 г. – игумен, пять иеромонахов, иеродиакон, священноинок, священник, четыре монаха, два инока, пять послушников. Отреставрированы Успенский собор (освящён 7 августа 2014 г. архиепископом Александровским Евстафием (Евдокимовым)), Никольская надвратная церковь (освящена 30 сентября 2002 г. архиепископом Евлогием), трапезная Спасская церковь. В 2005–2008 гг. в ризнице над трапезной Спасского храма была устроена и 17 ноября 2008 г. освящена церковь во имя преподобного Космы Яхренского с приделом святителя Митрофана Воронежского. Над трапезной Успенского собора возведена шатровая колокольня, в 2002 г. звонница пополнилась пятью новыми колоколами. К 2001 г. в монастыре были братский корпус, дом, трапезная, кухня, мастерская, канцелярия, складские помещения, скотный двор, деревянный дом, используемый под гостиницу. В 2004–2005 гг. возведена кирпичная ограда. В Успенском соборе под спудом пребывают мощи преподобного Космы. В обители также хранятся частицы мощей преподобных старцев Оптинских, Арсения Элассонского, ковчег с двадцатью частицами мощей различных святых, почитаются копия Яхромской иконы Божьей Матери, иконы с частицами мощей Митрофана Воронежского, Афанасия Ковровского, преподобного Амвросия, праведного Петра Великодворского, преподобного Леонтия Михайловского и др.