В сочинениях христианских церковных писателей и отцов церкви упоминания о Ксенофане исследователи встречают весьма редко; по мнению исследователей, никто из них не был знаком с полным текстом его стихотворений, и все сведения о Ксенофане заимствовались из хроник, доксографических сочинений и собраний философских мнений. Первым из христианских авторов о Ксенофане упоминает Климент Александрийский в «Строматах»; он же приводит несколько стихотворных отрывков Ксенофана, не известных из других источников. Климент Александрийский считал Ксенофана основателем Элейской школы; подчёркивал важность предложенного Ксенофаном учения о том, что истинный «Бог един и бестелесен» (исследователи полагают, что приписывание Ксенофану учения о бестелесности Бога является некорректной интерпретацией свойства беспредельности); приводил высказывания Ксенофана в качестве подтверждения того, что уже в Античности существовала устойчивая традиция критики антропоморфного политеизма. В сочинении «Опровержение всех ересей», автором которого считается Ипполит Римский, пересказываются без какой-либо оценки теологические и физические мнения Ксенофана. Близость этого изложения к аналогичным обобщающим пересказам в «Строматах» Псевдо-Плутарха и у Диогена Лаэртского заставляет исследователей предполагать, что в данном случае использовался общий доксографический источник (возможно, сочинение Теофраста), а не сочинения Ксенофана. Однако автор «Опровержения...» приводит и не известное из других источников мнение Ксенофана: он объяснял наличие растительных и животных окаменелостей тем, что при конце мирового цикла земля растворяется в воде и превращается в грязь, а затем вновь рождается из воды. Епископ Евсевий Кесарийский в сочинении «Евангельское приготовление» приводил выписку из «Стромат» Псевдо-Плутарха с изложением учения Ксенофана, а также цитировал критический разбор учения Ксенофана и других представителей Элейской школы Аристоклом, в котором преимущественное внимание уделяется проблеме чувственного познания (собственной оценки учения Ксенофана епископ Евсевий не давал). В «Слове о вере», завершающем сочинение «Панарий» епископа Епифания Кипрского, и в сочинении «Врачевание эллинских недугов» епископа Феодорита Кирского приводятся сведения о Ксенофане и его отдельные мнения, заимствованные у предшествующих церковных писателей или из доксографической традиции (какие-либо новые сведения о Ксенофане или оценки его философии в этих сочинениях отсутствуют). После VI в. в греческой христианской литературе исследователи встречают лишь случайные упоминания имени Ксенофана в хронографическом контексте или в связи с его отдельными изречениями (например, Григорий Палама в одном из писем цитирует высказывание Ксенофана: «Никто ничего не знает, но во всём лишь догадка бывает»). У раннехристианских латинских церковных писателей исследователи встречают несколько упоминаний Ксенофана. Минуций Феликс в сочинении «Октавий» ссылался на Ксенофана как на сторонника мнения о том, что Бог «беспределен и разумен» («infinitum cum mente»; исследователи полагают, что источником для Минуция Феликса был Цицерон). Тертуллиан и Лактанций упоминают Ксенофана лишь в связи с его отдельными физическими мнениями (его теологические воззрения им были неизвестны). Августин Блаженный, епископ Гиппонский, дважды упоминает Ксенофана в общем ряду других античных философов, не приводя никаких его мнений. У последующих латинских христианских писателей имя Ксенофана исследователи не встречают (отдельные положения его учения стали вновь известны на латинском Западе лишь в эпоху схоластики из сочинений Аристотеля и его комментаторов).