В связи с переходом в католицизм коптского Иерусалимского архиепископа Афанасия в 1741 г. папа Римский Бенедикт XIV бреве «Quaemadmodum ingenti laetitia» объявил о создании апостольского викариата для коптов-католиков Египта; после возвращения архиепископа Афанасия в Коптскую церковь викариат продолжил существование под руководством францисканцев. В 1824 г. ряд подложных писем, составленных от имени египетского правителя Мухаммада Али, способствовали возрождению надежд Папского престола на сближение Коптской церкви с Римом. 15 августа 1824 г. папа Римский Лев XII буллой «Petrus apostolorum» преобразовал коптский викариат в Александрийский патриархат Коптской католической церкви; апостольский викарий для коптов-католиков Максим Жувед получил титул патриарха. Реальное положение дел не позволило объявить в Египте о создании Патриархата Коптской католической церкви, но в 1829 г. мусульманские власти разрешили строительство нескольких храмов для коптов-католиков. В 1832 г. папа Римский Григорий XVI назначил нового апостольского викария для коптов-католиков (без титула патриарха). В 1893 г. ввиду настойчивых требований коптов-католиков о выходе их общин из-под окормления миссии францисканцев по поручению папы Римского Льва XIII было достигнуто соглашение между Коптской католической церковью и Орденом францисканцев: коптам-католикам были переданы храмы и монастыри, принадлежавшие миссии. 11 июня 1895 г. папа Лев XIII отправил христианам Александрийской православной церкви и Коптской церкви энциклику «Unitatis christianae», призвав их к унии с Римско-католической церковью. Буллой «Christi Domini» от 26 ноября 1895 г. папа объявил о восстановлении Александрийского патриархата Коптской католической церкви, а также об учреждении в составе Коптской католической церкви двух епархий – Гермополь (Эль-Минья) во главе с епископом Максимом Седфави и Фивы (Луксор) во главе с епископом Игнатием Барази. 19 июня 1899 г. апостольский викарий коптов Кирилл Макарий получил титул Александрийского патриарха коптов. В январе 1900 г. власти Египта признали патриарха Кирилла Макария главой отдельной общины коптов-католиков. Трудности в организации Коптской католической церкви побудили Кирилла Макария в 1908 г. отречься в Риме от патриаршего достоинства и удалиться в Ливан. Местоблюстителем престола был назначен епископ Максим Седфави, а после его смерти в 1927 г. – Фиванский епископ Марк Хузам. Престол католического Александрийского патриархата коптов оставался вакантным на протяжении 36 лет. В 1947 г. папа Римский Пий XII назначил Александрийским патриархом коптов Марка Хузама, учредив одновременно Ликопольскую епархию в Асьюте. После смерти патриарха Марка Синод Коптской католической церкви избрал Александрийским патриархом Стефана I Сидарусса (утверждён папой Римским Пием XII в 1958 г.). Патриарх Стефан I принимал участие в работе второго Ватиканского собора. 22 февраля 1965 г. папа Римский Павел VI возвёл его в достоинство кардинала. Впоследствии достоинство кардинала получили также Александрийские патриархи коптов Стефан II Гаттас (1986–2006 гг.) и Антоний Нагиб (2006–2013 гг.).